| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,968,509 | Δ1 bp | coding (594/1104 nt) | wecA → | UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,968,509 | 0 | A | . | 95.5% | 177.4 / 0.9 | 45 | coding (594/1104 nt) | wecA | UDP‑GlcNAc:undecaprenylphosphate GlcNAc‑1‑phosphate transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base . (17/25); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCCATACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCAAAACCCATCCCATCAGCC > NC_000913/3968375‑3968645 | aTGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGGCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATg < 1:623718/143‑1 (MQ=255) tggtggATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGTAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGc < 1:62939/143‑1 (MQ=255) tGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGc > 1:721499/1‑143 (MQ=255) gTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCtt > 1:311588/1‑143 (MQ=255) ttGATGGCAGTGATGGCTTGTTGGGTGGGTTGTCCTGCGACTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTa < 1:690394/143‑1 (MQ=255) gtcATTGATGGCTTGCTGGGGGGGTTGTCCTGCGTCGAGGTAGCAGCAATCGGTATGATTGTGTGGTCCAACTTGCAAACCGGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCtt < 1:234966/141‑1 (MQ=255) ggCAGTGATGGCGTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCtt < 2:48761/143‑1 (MQ=255) aTTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAACAGGGACGATTTTGTGGTTCGGCGGGCAAACCAGCCTCGCAAGCTGGTGCTTTGCGCAGCTCGCCGCCGTCATG‑CACCCATCATCGTTAACCGTggg > 2:848755/1‑142 (MQ=255) ggCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCCGCAATCGGTCTGCTTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCGTTGCGATGATCGCCGCCATCCT‑CCCTACATCACGCGTGACCTCGGTACCCTg > 1:327155/1‑143 (MQ=255) gCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTgg < 2:626465/143‑1 (MQ=255) ggggggGTTGTCGGGCGCCTCGTCTGGAGCAATGGGTATGATTTTGTGGGTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTcgccg < 2:609794/143‑1 (MQ=255) gggTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCACTCTTAACCTTCGTCTCCTGGGTCGCCGCCAc > 1:411280/1‑143 (MQ=255) ttGTCCTGCGTCTAGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACaaa < 1:161755/143‑1 (MQ=255) ttGTCCTGCGTCGCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACaaa < 1:46667/143‑1 (MQ=255) ttGTCCGGCGTCTAGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCGTGGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACaaa < 1:166509/143‑1 (MQ=255) ccTGCGGCTCGTTTGCCGCCAGCCGGATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCt < 2:397597/143‑1 (MQ=255) gCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTa > 2:963944/1‑143 (MQ=255) cGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGAGGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGCATCCTGGGTCGCCGCTACAAACGCTTTAt > 1:328448/1‑143 (MQ=255) gTCTCGTTTGCACCAATCGGGATGATTTTGGCGTGCGTTGGGCAAACCGTCCTCGCGATCTGGTGCTTAGAGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTAGCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATg < 2:247862/143‑1 (MQ=255) cagcaATCGGTATGACTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCgg < 1:765814/143‑1 (MQ=255) agcaATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGAGATGCggg > 1:831314/1‑143 (MQ=255) agcaATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCGCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCggg < 1:161082/143‑1 (MQ=255) aTCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTTACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGt < 1:828816/143‑1 (MQ=255) tGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAACGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTgc > 1:538532/1‑142 (MQ=255) tGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGa > 1:730695/1‑143 (MQ=255) ttCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTAcc < 1:848932/143‑1 (MQ=255) aCGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGAGGGCAGTACGCTGACTGGGGTTACCGttc > 2:699563/1‑142 (MQ=255) cGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTTGGTTGCCGCTACAAAGTCTTTATGTGGGATGCGGGTATTACGCTGATTGGTTTTACCGTTAt < 1:555017/143‑1 (MQ=255) gCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTg > 1:183499/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGAt < 1:514794/143‑1 (MQ=255) gtCGCTATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTc < 2:171075/142‑1 (MQ=255) cTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTc < 2:183499/143‑1 (MQ=255) tCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGCTCCTGCTCg > 1:302105/1‑143 (MQ=255) gCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAgg < 1:568537/143‑1 (MQ=255) cTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑GACACGAGGCATAAGCGTGGGAACGTGGGTCGCCGCTACGAAGTGTTTATGGGGGAGGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAggg < 1:228858/143‑1 (MQ=255) tttGCGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTCCCGTTATCTGGCTCCTTCTCGTAATGAccccgtgc > 1:41321/1‑138 (MQ=255) cgctgatCGCGGCCGTCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTGTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCaaaa < 2:387908/140‑1 (MQ=255) cGATGATCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGGTGCGGGCCGTACGCTGATTGGTTTTCCCGTTATCTGGATCCTGCCCGAAACGACCCAGCGCaaaa > 1:564100/1‑143 (MQ=255) cGATGATCGCCGCCATCCTG‑CAGACTTCATGCTGAACCGGTGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCaaaa < 1:375019/143‑1 (MQ=255) atgatCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTCATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGTTCCTGCTCGAAACGACCCAGAGCCAAAcc > 2:785890/1‑143 (MQ=255) atgatCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACATTCATCGACTACCAAGCGCCTACTAAGTCTGTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCCGACGGGTAGCAGCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACACAGGGCAAAAcc > 2:662708/1‑143 (MQ=255) tCGCCGCCATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGGATCCTGGGTCCCCGCTACAAAGTCTTTATGTGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTCCTCGAAACGACCCAGGGCAAAAcccatc < 1:662708/143‑1 (MQ=255) cgccgcCATCCTGCC‑TACCTCATGCTTAACCTTGGCATCCTGTGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCAAAAcccatcc < 1:53399/143‑1 (MQ=255) ccATCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTGTTACCGTTATCTGGATCATGCTCGAAGCGACCCAGCGCCAAACCCATCCCATCa > 2:909629/1‑143 (MQ=255) tCCTGCC‑TACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATTCGGGCAGTACGCTGCTTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCCCGACCACTCCCATCAGca > 2:816139/1‑142 (MQ=255) | ATGGTTGATGGCATTGATGGCTTGCTGGGCGGGTTGTCCTGCGTCTCGTTTGCAGCAATCGGTATGATTTTGTGGTTCGACGGGCAAACCAGCCTCGCAATCTGGTGCTTTGCGATGATCGCCGCCATCCTGCCATACATCATGCTTAACCTTGGTATCCTGGGTCGCCGCTACAAAGTCTTTATGGGTGATGCGGGCAGTACGCTGATTGGTTTTACCGTTATCTGGATCCTGCTCGAAACGACCCAGGGCAAAACCCATCCCATCAGCC > NC_000913/3968375‑3968645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |