Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,839,669 | A→T | 4.8% | I50F (ATC→TTC) | ascF → | cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes, IIB and IC components |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,839,669 | 0 | A | T | 4.8% | 297.5 / 4.7 | 84 | I50F (ATC→TTC) | ascF | cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes, IIB and IC components |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/35); new base T (2/2); total (47/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.80e-01 |
CACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACGTAGTGACAACCAGTGTCAGGTGATTATCGGCAATACCGTTTCACAAGCCTTTCAGGAAGTCGTCAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGC > NC_000913/2839384‑2839954 | cACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATcc < 1:680132/289‑1 (MQ=255) tGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGcct > 1:156881/1‑286 (MQ=255) tGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGt > 1:379364/1‑288 (MQ=255) aaccggtttcacaaaaTTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCg < 2:645330/274‑1 (MQ=255) ttAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCg > 2:124566/1‑289 (MQ=255) aGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTg < 2:59733/289‑1 (MQ=255) cAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTTGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGGATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCAGCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACg < 2:507039/289‑1 (MQ=255) cAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACg < 2:685934/289‑1 (MQ=255) cAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACg < 2:610940/289‑1 (MQ=255) cAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACg < 2:473722/289‑1 (MQ=255) 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CACTCTCTTGCTTATTTAGTGACAACTATTCATGATTTTGTGAAACCGGTTTCTTAATTCCGTTTCAGCATCGGCATTTTTCCGTCACGTCGACTGATAACAACTACATCTACCCTACTGATAACAGGATAAAATCCGATGGCCAAAAATTATGCGGCGCTGGCACGCTCGGTGATAGCGGCACTGGGCGGCGTTGATAACATCTCGGCGGTCACGCACTGTATGACGCGGTTGCGCTTTGTTATCAAAGATGATGCACTTATCGACAGCCCGACGTTAAAAACCATCCCCGGCGTGCTCGGCGTGGTACGTAGTGACAACCAGTGTCAGGTGATTATCGGCAATACCGTTTCACAAGCCTTTCAGGAAGTCGTCAGCCTGCTGCCGGGAGATATGCAGCCCGCACAGCCCGTGGGTAAACCCAAACTCACGCTACGTCGCATTGGTGCGGGGATCCTCGATGCGCTGATCGGCACCATGTCACCGCTGATCCCGGCGATTATCGGCGGATCGATGGTCAAACTGCTGGCAATGATCCTCGAGATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGC > NC_000913/2839384‑2839954 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |