| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,903,483 | 0 | T | C | 5.5% | 253.4 / 3.7 | 73 | intergenic (+111/+1262) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase, queosine biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/43); new base C (2/2); total (28/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
TCTTTATACCGATTGAGAGCAATGCCAAACGCTACGACGCGATGAATAAAGGCATTTTCAAAGACCTAACCAAACATACTGATGTGATCCTGAAAAAATCGTATGAAGTGATGC‑ATGGGGAATTGGGGAATGTGGATTCGATCCAGAGCTGGTCGAATGCGTAAGTGAGGAAGGCCGGGCGGGAAACTGCCCGGCCTGAACATACCTGAATGGTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACATAAGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACA > NC_000913/2903209‑2903751 | tCTTTATACCGATTGAGAGCAATGCCAAACGCTACGACGCGATGAATAAAGGCATTTTCAAAGACCTAACCAAACATACTGATGTGATCCTGAAAAAATCGTATGAAGTGATGC‑ATGGGGAATTGGGGAATGTGGATTCGATCCAGAGCTGGTCGAATGCGTAAGTGAGGAAGGCCGGGCGGGAAACTGCCCGGCCTGAACATACCTGAATGGTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACATAAGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTCTATCCCCGCTGAt > 2:274131/1‑288 (MQ=255) 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agaaTGATAACAAGTTCGGATTATCCCCGCTGATGCAGGGAAAATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTATTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCAATCATTCGCCTCAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACa < 1:589334/287‑1 (MQ=255) | TCTTTATACCGATTGAGAGCAATGCCAAACGCTACGACGCGATGAATAAAGGCATTTTCAAAGACCTAACCAAACATACTGATGTGATCCTGAAAAAATCGTATGAAGTGATGC‑ATGGGGAATTGGGGAATGTGGATTCGATCCAGAGCTGGTCGAATGCGTAAGTGAGGAAGGCCGGGCGGGAAACTGCCCGGCCTGAACATACCTGAATGGTTATCCCCGCTGACGCGGGGAACATAAGTTCGACAACTTAAAAAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATGAATAACA > NC_000913/2903209‑2903751 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |