New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2269905 = | 58 (0.680) | 3 (0.040) | 3/522 | NT | 4.9% | intergenic (+340/‑72) | lpxT/mepS | lipid A 1‑diphosphate synthase, undecaprenyl pyrophosphate:lipid A 1‑phosphate phosphotransferase/murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein, weak murein LD‑carboxypeptidase |
? | NC_000913 | = 2290111 | NA (NA) | intergenic (‑32/+1) | insH1/yejO | IS5 transposase and trans‑activator/pseudogene, autotransporter outer membrane homology,putative transport, Not classified, putative ATP‑binding component of a transport system |
ATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAGGGAAAACAAACAACATGGTCAAATCTCAACCGATTTTGAGATATATCTTGCGCGGGATTCCCGCGATTGCAGTAGCGGTTCTGCTTTCTGCATGTAGTGCAAATAACACCGCAAAGAATATGCATCCTGAGACACGTGCAGTGGGTAGTGAAACATCATCACTGCAAGCTTCTCAGGATGAATTTGAAAACCTGGTTCGTAATGTCGACGTAAAATCGCGAATTATGGATC > NC_000913/2269617‑2270193 | atgatgCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAATTCATTCTCTAAGTAAATGACTGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTCCTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAAt > 2:386062/1‑289 (MQ=255) tCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGggaaggtgcgaataagcg > 1:559571‑M1/1‑271 (MQ=255) aCGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGAACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTtat < 2:705116/289‑1 (MQ=255) cGCAAAAAGCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTtata < 2:115604/289‑1 (MQ=255) tAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTGTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGAACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTa < 1:154814/289‑1 (MQ=255) aGTAAATGAATGGATTGCATCCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGAACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAg < 1:98284/289‑1 (MQ=255) tgGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAgg > 1:176093/1‑289 (MQ=255) 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tGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAGGGAAAACAAACAACATGGTCAAATCTCAACCGATTTTGAGATATATCTTGCGCGGGATTCCCGCGATTGCAGTAGCGGTTCTGCTTTCTGCATGTAGTGCAAATAACACCGCAAAGAATATGCATCCTGAGACACGTGCAGTGGGTAGTGAAACATCATCACTGCAAGCTTCTCAGGATGAATTTGAAAACCTGGTTCGTAATGTCGACGTAAAATcgcg < 1:221472/289‑1 (MQ=255) gCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAGGGAAAACAAACAACATGGTCAAATCTCAACCGATTTTGAGATATATCTTGCGCGGGATTCCCGCGATTGCAGTAGCGGTTCTGCTTTCTGCATGTAGTGCAAATAACACCGCAAAGAATATGCATCCTGAGACACGTGCAGTGGGTAGTGAAACATCATCACTGCAAGCTTCTCAGGATGAATTTGAAAACCTGGTTCGTAATGTCGACGT‑AAATCGCGaa < 1:178397/289‑1 (MQ=255) cccAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAGGGAAAACAAACAACATGGTCAAATCTCAACCGATTTTGAGATATATCTTGCGCGGGATTCCCGCGATTGCAGTAGCGGTTCTGCTTTCTGCATGTAGTGCAAATAACACCGCAAAGAATATGCATCCTGAGACACGTGCAGTGGGTAGTGAAACATCATCACTGCAAGCTTCTCAGGATGAATTTGAAAACCTGGTTCGTAATGTCGACGTAAAATCGCGaa > 1:92287/1‑289 (MQ=255) 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ATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGAACTCGTTTTGCCTCGGCGGTAGATTATCCTCACAGCATATAATTTTGTGCGTTAGTCCACAGATTTGGCCTTAAGGAATTGTTTCAACATGCCCAGGTAATTAGTCTCGTGTCGCTTGGCATTTTTTTATAACGATATTTGTCGTTAAGGACTTCAAGGGAAAACAAACAACATGGTCAAATCTCAACCGATTTTGAGATATATCTTGCGCGGGATTCCCGCGATTGCAGTAGCGGTTCTGCTTTCTGCATGTAGTGCAAATAACACCGCAAAGAATATGCATCCTGAGACACGTGCAGTGGGTAGTGAAACATCATCACTGCAAGCTTCTCAGGATGAATTTGAAAACCTGGTTCGTAATGTCGACGTAAAATCGCGAATTATGGATC > NC_000913/2269617‑2270193 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |