Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,449,391 | C→G | 4.8% | P653P (CCG→CCC) | tynA ← | tyramine oxidase, copper‑requiring |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,449,391 | 0 | C | G | 4.8% | 305.5 / 7.5 | 84 | P653P (CCG→CCC) | tynA | tyramine oxidase, copper‑requiring |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/38); new base G (2/2); total (44/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.75e-01 |
CGTTTCGTCAAAGAAGTTCCATGGTTTCAGCAGAGTATGTACCCATTCGGTCGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTGGGCACCTTTTGCTACCGGGTGAGTACCACCTGCATAAGGAATAATTTGATAGGAAACCGGATTGCCCATGCGGTTCTCTTTGTTCGGGTTACTCAACAGACGAATCGTGCCCGGATCAAATTTCTGTGCGGCATCCTGTTCATTGCCGATGTTGTACTGATTAACTTGCATGGTACTGGTGCGTGGGCCACCGGCAGTATTCGGTTTTACCACTGGGTCCATCGCCACCAGGCTGTTATTCTCGCCATCTACATCCAGATCGAGGCGGAAATTA > NC_000913/1449109‑1449676 | cGTTTCGTCAAAAAAGGTCCATGGTTTCAGCAGGTTAGGTACCCAGTCGGTCGGCATAATCGGCCACGCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGgcgc < 2:705078/288‑1 (MQ=255) cAAAGAAGTGCCAGGGTTTCAGCACAGTATGTACCCATTCGGTCGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTggg < 1:275586/288‑1 (MQ=255) ttCCATGGTTTCAGCAGAGTATGTACCCATTCGGTCGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGACCTGGGCACCtttt > 1:223353/1‑288 (MQ=255) aTGGTTTCAGCAGAGTATGTACCCATTCGGTGGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTGGGCACCTTTTGCTAc < 2:670010/289‑1 (MQ=255) aTGGTTTAAGCAGATGATTTACCCATTCGGTGGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCATCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTGGGCACCTTTTGCTAc < 2:570576/289‑1 (MQ=255) agagTATGTACCCATTCGGTCGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTGGGCACCTTTTGCTACCGGGTGAGt < 2:37553/287‑1 (MQ=255) agTATGTACCCATTCGGTCGGCATAATCGGCCACTCTTCGGCGCGGGCCACATGTGTGGTGCCGGTGGTCATCCAGACAACGGCGTCGGTGTTGTCCAGCGACTCGTTATCCTTACTGTATTGTCCAAGACCGGTGTCATGAGTAGAACGGTTCGGATATTTGCCTTCCGGGAAACGCTCGCCAGGATGATAACGCGTTACCCAGAGCTGCTTGTCCATAAAGCTTAAACGATGATAGATCCACTCGTCCGGCGCGAACTGGGCACCTTTTGCTACCGGGTGAGTacc > 2:342306/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |