| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,102,342 | G→T | 4.2% | V218V (GTG→GTT) ‡ | kdgT → | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,102,342 | 0 | G | T | 4.2% | 335.0 / 2.4 | 96 | V218V (GTG→GTT) ‡ | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/37); new base T (2/2); total (56/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 | |||||||||||
TGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGACTGTGATTGCCCAGACTGGTTTGCTGGGGATCCTGTTGGGTGTGGCAGTAATTATCGTGACCGGTATTCCGTTGATTATCGCCGATAAATTGATTGGCGGTGGCGATGGCACTGCCGGAATTGCCGCTTCCAGTTCCGCAGGGGCCGCGGTAGCGACACCTGTGCTGATTGCAGAAATGGTGCCTGCGTTTAAACCGATGGCTCCGGCAGCAACTTCGCTGGTAGCGACGGCGGTCATTGTGACTTCGATTCTGGTGCCAATTCTTACCTCTATCTGGTCACGTAAAGTCAA > NC_000913/4102054‑4102629 | tGGCGGACTTTACGCTTCCATCATGCAGCAGTACGGCACAAAAGAAGAAGCTGGGGCATTTGTGTTGATGTCGTTGGAGTCCGGGCCGCTCATGACGATGATTATTCTGGGCACTGCCGGGATTGCCTCGTTTGAACCGCATGTTTTCGTCGGCGCAGTATTACCGTTCCTGGTGGGCTTTGCCCTGGGGAACCTTGACCCTGAATTGCGAGAATTTTTCAGCAAAGCGGTGCAAACGCTGATTCCATTCTTTGCCTTCGCGCTGGGCAATACCATTGATTTGTCtgtg > 2:247227/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |