| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,016,417 | C→T | 5.9% | H184Y (CAT→TAT) | fliH → | negative regulator of FliI ATPase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,016,417 | 0 | C | T | 5.9% | 192.3 / 3.3 | 69 | H184Y (CAT→TAT) | fliH | negative regulator of FliI ATPase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/32); new base T (2/2); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-02 | |||||||||||
ACGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGACCACG > NC_000913/2016270‑2016562 | aCGCCAACGGTGGATAACCCGGCACTGACCAAACATATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCa < 1:317472/149‑1 (MQ=255) cAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCAtggc > 2:531643/1‑149 (MQ=255) tGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGTTGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGATTGGATGgcga > 1:149433/1‑148 (MQ=255) tGGATAACACGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGgcgc < 2:236246/149‑1 (MQ=255) aaCTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGAAGGTATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCg > 1:318905/1‑149 (MQ=255) tCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTCAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 2:195640/1‑149 (MQ=255) tCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgggg > 1:700322/1‑149 (MQ=255) cGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTTTTGCAGCAAGAACCGGTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc < 2:150033/149‑1 (MQ=255) gCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTCCAGGGCGa > 2:695560/1‑149 (MQ=255) cACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt < 1:413733/149‑1 (MQ=255) tGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATccc > 1:611149/1‑149 (MQ=255) tGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATccc > 2:576345/1‑149 (MQ=255) tCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCCCTTGCGGGGCGATCCCAcc < 1:532499/149‑1 (MQ=255) aaaCAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGGTATTGAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGAGAAACAGCAACGTGTGGGTGATATGCTCGGCGCTACCGAAAGTTTACATGGCTGGCGCTTGCGGGACGAGCCCACCCt > 2:223999/1‑149 (MQ=255) aGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTCAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCAt > 2:575318/1‑149 (MQ=255) aGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGTATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCAt > 1:414514/1‑149 (MQ=255) aGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGTATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCAt > 1:231986/1‑149 (MQ=255) taTCCAAGAGTTTTTGCACCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACCGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTTTGGATGATATGCTCGGCTCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATc < 2:445239/148‑1 (MQ=255) 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cAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg > 2:197647/1‑149 (MQ=255) cAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg < 1:601199/149‑1 (MQ=255) gttgttGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCt < 1:363875/149‑1 (MQ=255) ttgttgCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACCGCTGCGCGTTCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgagtg > 1:147093/1‑145 (MQ=255) ttgttgCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcggcgg > 2:412777/1‑147 (MQ=255) ggccgcaAGAACCGTTAGTCAGCCGTAAACCGCCGCTGCTCGGGCACCCGGATGATCTGCACCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGGGCTTGCGGGGCGTTCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa < 2:592435/145‑1 (MQ=255) aaGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGGCTcc > 1:100930/1‑149 (MQ=255) cGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt > 1:580212/1‑149 (MQ=255) cGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt < 1:571073/149‑1 (MQ=255) gTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:94763/1‑149 (MQ=255) ttATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 2:472627/1‑149 (MQ=255) aTTCAGCGGTAACGCACGGCTGCGCGTGCCCCCGGATGATCTGCAACGGGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTGAAGTTTGCAGGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAGGTCTCCGCCGATGAAg < 2:90056/149‑1 (MQ=255) aTTCAGCGGTAACCCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 2:511052/149‑1 (MQ=255) aTTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:672055/149‑1 (MQ=255) gCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTAAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAt > 2:511323/1‑149 (MQ=255) ccgTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGGGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACTCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 2:237487/147‑1 (MQ=255) gTAAACCACAGGTGCGCGTGCCCCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATCATATGCTCGGCGCCACATTAAGTGGGCGTGGCAGGCCCATGCTCGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc < 1:354234/149‑1 (MQ=255) gTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:674600/1‑149 (MQ=255) aaCCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGCAAAGTCTCTGCCGATGAAGGCAATCTCGAc < 1:381369/149‑1 (MQ=255) ccACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATCTGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGc > 2:187970/1‑149 (MQ=255) gcgcGTGCACCCGGCTGTTCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTGAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGACCTCGACGCCAGTGTCg < 1:461007/149‑1 (MQ=255) cgcgTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCGTACTGGCGGCTGTAAAGTCTCTGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGc > 2:404360/1‑149 (MQ=255) cgcgTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGc > 1:271929/1‑149 (MQ=255) cgTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATACGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCACGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCa < 1:240842/149‑1 (MQ=255) cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCt < 1:704477/149‑1 (MQ=255) ccGGATGATCGGCAGCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTg < 2:413885/149‑1 (MQ=255) cGGATGTGCTGCAACGTGTGGATGATATCCTCGGCGCTACCTTATGTTGGCATGGCGCGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCGTCCATCCTTGCGGCTGTAAAGTCGCCTCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTgg < 2:234391/149‑1 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGTATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTgg < 2:414514/149‑1 (MQ=255) cGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGTATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTgg < 2:231986/149‑1 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGAGGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGaa < 2:525223/149‑1 (MQ=255) 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gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGgcagc < 1:461963/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCCCCCTCCACCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGa < 2:700322/149‑1 (MQ=255) gcgcTACCTTAAGGTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAgtg < 2:215132/149‑1 (MQ=255) tACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTCGCGGGGCGCTCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGACCCCTCCGATGAAGGCGTTCGCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGgtgt < 1:536135/149‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTaa < 2:100930/149‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGa < 2:113568/149‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTGGCGGGGCGATCCCTCCCTCCATCCTGGCGGCTGTACACTCTCCGCCGCTGAAGGCGATTTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGa < 2:81074/149‑1 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGACCa < 2:94763/149‑1 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAAAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGACCa > 2:35412/1‑149 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGACCAc > 2:53489/1‑149 (MQ=255) ttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGCGCGGTGTCATGACCAcg > 2:463007/1‑149 (MQ=255) | ACGCCAACGGTGGATAACTCGGCACTGATCAAACAGATCCAACAGTTGTTGCAGCAAGAACCGTTATTCAGCGGTAAACCACAGCTGCGCGTGCACCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGCAAGAACTCTGCCGTCTGGCAGCACCAGGAGTGGTGTAATGACCACG > NC_000913/2016270‑2016562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |