Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,410,396 | Δ1 bp | coding (886/1374 nt) | dbpA → | ATP‑dependent RNA helicase, specific for 23S rRNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,410,395 | 0 | G | . | 97.2% | 310.5 / 0.5 | 73 | coding (885/1374 nt) | dbpA | ATP‑dependent RNA helicase, specific for 23S rRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base . (37/33); minor base A (1/1); total (38/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTTTGCAATACCAAAAAAGATTGCCAGGCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACTGGTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCGATCA > NC_000913/1410249‑1410537 | ttttGCAATACCAAAAAAGCTTGCCAGGCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACTgtc < 2:905752/149‑3 (MQ=255) ttttGCAATACCAAAAAAGATTGCCAGGCTGTCTGCGACGCGCTGAATGACGTAGGGCAAAGTGCAGTGTCATTACACGGCGACTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTACTAACGGTACCGCCCGCGTACTggc > 1:305115/1‑148 (MQ=255) ttttGCAATACCAAAAAAGATTGCCAGGCTGTATGCGACGCGCTGAATGAAGTCGGGCCAAGTGCATGGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCCGACCCTGGTACGATTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACTgtc > 2:597395/1‑147 (MQ=255) tttGCAATACCACACAAGATTGCCAGGCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAAAGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACTgtcg < 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ggCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCGAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑CTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTAGTCt < 2:766170/149‑1 (MQ=255) gCTGTCTGCGACGCGCTGACTGAAGTAGGGCAAAGTTCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCTATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTg < 2:161265/149‑1 (MQ=255) gCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTg < 1:700046/149‑1 (MQ=255) gCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACGGATGTTGCTGCGCGTGGTcgg > 2:800504/1‑147 (MQ=255) gCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTCGCTAACGGTAGCGCCCGTCTACT‑GTCGCGTCTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTg < 1:750605/149‑1 (MQ=255) 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ggCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGGCTGTTGTTGCTGCGCGGGGGCTGGGTAGTAAATCCCGTGAGCACGTGCTGa > 2:1098069/1‑149 (MQ=255) aGTGCATTGTCATTACACGGCGAGTCGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGCGCTGGTGGTGAACttt < 2:393015/149‑1 (MQ=255) ggCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGa < 2:781870/148‑1 (MQ=255) gCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAg < 2:786038/149‑1 (MQ=255) gTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCGGGGTATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGc > 1:494160/1‑149 (MQ=255) gTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAACGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGAGATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGc > 1:118204/1‑149 (MQ=255) aTTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTg < 2:348415/149‑1 (MQ=255) aTTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGAGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTg > 1:907761/1‑149 (MQ=255) acGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGagc > 2:976660/1‑147 (MQ=255) acGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGAcc < 2:273953/149‑1 (MQ=255) 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gTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTAGCTATTAAGTCGCTTGAGATGGGATTGAAGTTTGAGCTGGCGTGGGCCCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAg > 1:323874/1‑149 (MQ=255) cTAACGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATa > 2:775148/1‑149 (MQ=255) taccGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAg < 2:355547/146‑1 (MQ=255) tAACGGTAGCGCCCGCGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCACCGGGCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAg > 2:858298/1‑149 (MQ=255) aaCGGTAGCGCCCGGGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGc < 2:224256/149‑1 (MQ=255) aCGGTAGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCg > 1:1169092/1‑149 (MQ=255) ggTAGCGCCCGTGTACTGG‑CGCGACTGGTGTTGCTGCGCGCGGGCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGt < 1:662247/149‑1 (MQ=255) ggcggCCGTGTACT‑GTGGTGACTGAGTGTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTg < 2:736659/148‑1 (MQ=255) aGCGCCCGTGTACT‑GTCGCGACTGAAGTTGATGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTg > 1:701584/1‑149 (MQ=255) gcCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCg > 1:1080300/1‑149 (MQ=255) gcCCGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGAGCGAACTGGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCg > 1:989289/1‑149 (MQ=255) ccGTGTACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCGAt > 2:1144312/1‑149 (MQ=255) gtgtACT‑GTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCCTCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCGATCa > 1:36901/1‑149 (MQ=255) gtgtACT‑GCCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCGATCa < 1:358746/149‑1 (MQ=255) | TTTTGCAATACCAAAAAAGATTGCCAGGCTGTCTGCGACGCGCTGAATGAAGTAGGGCAAAGTGCATTGTCATTACACGGCGATTTGGAGCAACGCGATCGCGATCAGACCCTGGTACGTTTTGCTAACGGTAGCGCCCGTGTACTGGTCGCGACTGATGTTGCTGCGCGTGGTCTGGATATTAAATCGCTTGAGCTGGTGGTGAACTTTGAGCTGGCGTGGGACCCTGAAGTTCATGTACATCGCATCGGTCGTACAGCTCGTGCAGGAAATAGCGGTCTGGCGATCA > NC_000913/1410249‑1410537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |