| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 561,882 | T→C | 10.2% | D106D (GAT→GAC) | sfmH → | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 561,882 | 0 | T | C | 10.2% | 98.8 / 4.9 | 39 | D106D (GAT→GAC) | sfmH | predicted fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/15); new base C (2/2); total (22/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTT > W3110S.gb/561813‑561945 | tAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGata < 1:922124/71‑1 (MQ=255)tAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGata < 1:2324440/71‑1 (MQ=255) aaTTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGatat > 1:1705109/1‑71 (MQ=255) ttATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTc < 1:1462449/71‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:1185711/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:946067/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:1282337/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:2268949/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:342957/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAg < 1:301342/70‑1 (MQ=255) taAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGt < 1:967222/71‑1 (MQ=255) tatGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTccccc > 1:2173069/1‑71 (MQ=255) gCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCg > 1:1628169/1‑70 (MQ=255) aTTAGATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCaaa < 1:1748272/71‑1 (MQ=255) tACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGAATATTCAGTTCCCCCCGCAAAAt > 1:380581/1‑71 (MQ=255) gATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGTATATTc < 1:1994958/49‑1 (MQ=255) gATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTc < 1:2676699/49‑1 (MQ=255) cTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCACCCCGCAAAATta > 1:1909934/1‑62 (MQ=255) tATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATg > 1:261736/1‑71 (MQ=255) tATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATg > 1:1218066/1‑71 (MQ=255) ttAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATgg > 1:1684430/1‑70 (MQ=255) ttAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATgg > 1:472565/1‑70 (MQ=255) aTGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATcc > 1:211204/1‑71 (MQ=255) tGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCaaaa > 1:1719156/1‑46 (MQ=255) gAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCt > 1:2086089/1‑70 (MQ=255) gAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCt > 1:1761985/1‑70 (MQ=255) gAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCt > 1:1342372/1‑70 (MQ=255) aGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTaa > 1:1176201/1‑71 (MQ=255) aGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTaa > 1:1136621/1‑71 (MQ=255) tGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGa < 1:2440186/61‑1 (MQ=255) gTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGtt < 1:1644683/69‑1 (MQ=255) gTTGATAGTGTGATGGACATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGAt > 1:57226/1‑60 (MQ=255) gTTGATAGTGTGATGGACATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTc > 1:1448345/1‑71 (MQ=255) aTAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATggg < 1:612604/49‑1 (MQ=255) tAGTGTGATGGACATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaaa < 1:1592467/71‑1 (MQ=255) aGTGTGATGGACATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaaa < 1:1249099/70‑1 (MQ=255) gtgATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCt > 1:2165998/1‑71 (MQ=255) tgATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAAc > 1:143172/1‑68 (MQ=255) tgATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAAc > 1:2094574/1‑68 (MQ=255) tgATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCtt > 1:2147490/1‑71 (MQ=255) tgATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCtt > 1:1857395/1‑71 (MQ=255) gATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCaa < 1:828050/60‑1 (MQ=255) tatTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGtt < 1:301217/52‑1 (MQ=255) tatTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGtt < 1:1323594/52‑1 (MQ=255) | TAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTT > W3110S.gb/561813‑561945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |