| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 35.9% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 35.9% | 39.4 / 37.5 | 39 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/10); new base T (3/11); total (18/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACC > W3110S.gb/70379‑70502 | tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCg > 1:2494580/1‑71 (MQ=255)tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCg > 1:1919938/1‑71 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTTGTGGCgg > 1:1492672/1‑70 (MQ=255) aaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:405916/56‑1 (MQ=255) aaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:2390029/56‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1500138/71‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1160136/71‑1 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:1115965/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:1281399/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:2347319/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCCATTg < 1:205564/71‑1 (MQ=255) gcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg > 1:120265/1‑71 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc < 1:981407/70‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:812562/59‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1755628/59‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:56637/1‑61 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1210657/1‑38 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:2489812/1‑38 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:2492878/1‑38 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1065448/1‑38 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:393975/1‑38 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:492465/58‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1728616/71‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2377782/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:961957/56‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:1291206/56‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa < 1:881601/45‑1 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:741984/1‑44 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:1579003/1‑44 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2236491/52‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:501860/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:688702/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:104891/1‑48 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:293917/1‑48 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa > 1:1762656/1‑54 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1056738/1‑70 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:2181405/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt > 1:771517/1‑57 (MQ=255) aaCGCCCATCT‑GTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCgaccgacc < 1:2582174/70‑1 (MQ=255) | TGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACC > W3110S.gb/70379‑70502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |