| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,674 | A→G | 18.4% | Q1044Q (CAA→CAG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,674 | 0 | A | G | 18.4% | 272.7 / 52.5 | 130 | Q1044Q (CAA→CAG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/66); new base G (14/10); total (54/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACA > Exported/834604‑834744 | tttCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:538620/1‑71 (MQ=255) ataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:924770/3‑71 (MQ=255) cAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATc < 1:3411846/71‑1 (MQ=255) aaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTAt > 1:3529316/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:2246712/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:3079501/1‑69 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:5049300/71‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCa < 1:615685/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |