| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,720 | C→G | 17.8% | L1060V (CTG→GTG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,720 | 0 | C | G | 17.8% | 162.1 / 26.7 | 73 | L1060V (CTG→GTG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/42); new base G (8/5); total (26/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
GCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGCAAC > Exported/834650‑834788 | gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3485840/71‑1 (MQ=255)gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:4569211/71‑1 (MQ=255)gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:3837109/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:3832964/1‑71 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgct > 1:802042/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:5029826/70‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:2709479/71‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg > 1:4249911/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATcc < 1:3319256/71‑1 (MQ=255) tGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGa < 1:4493381/56‑1 (MQ=255) tGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGa < 1:4452795/56‑1 (MQ=255) aaaGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaagaa > 1:3234401/1‑50 (MQ=255) aaGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:4145517/51‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCAACGGc < 1:4618459/71‑1 (MQ=255) ctgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCaa > 1:2953691/1‑65 (MQ=255) ctgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCaa > 1:2972975/1‑65 (MQ=255) ctgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGCCAGAAATCCaa > 1:5376213/1‑65 (MQ=255) tgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:4062973/46‑1 (MQ=255) tgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:39515/46‑1 (MQ=255) tgctgGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |