| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,863 | G→A | 12.3% | L1107L (CTG→CTA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,863 | 0 | G | A | 12.3% | 143.4 / 10.1 | 57 | L1107L (CTG→CTA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/23); new base A (5/2); total (32/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
AAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTA > Exported/834794‑834930 | aaaaGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga > 1:4887880/1‑71 (MQ=255) aaaGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaat > 1:4634689/1‑71 (MQ=255) aaGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaatg < 1:3896675/71‑1 (MQ=255) aaGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaatg < 1:5477393/71‑1 (MQ=255) aGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaatgc > 1:305566/1‑71 (MQ=255) gcgcTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct < 1:4230928/71‑1 (MQ=255) gcgcTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct < 1:3647857/71‑1 (MQ=255) gcgcTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct < 1:778149/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGa < 1:2638153/44‑1 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGa < 1:389376/44‑1 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:200096/1‑56 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:4248552/1‑56 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:5592619/1‑56 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTa > 1:1622534/1‑71 (MQ=255) gctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTa > 1:1558162/1‑71 (MQ=255) ctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc < 1:4780588/51‑1 (MQ=255) ctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc < 1:660721/51‑1 (MQ=255) ctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc < 1:4466842/51‑1 (MQ=255) tgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGt > 1:2047358/1‑44 (MQ=255) gatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg < 1:3364110/44‑1 (MQ=255) | AAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTA > Exported/834794‑834930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |