| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,950 | T→G | 20.0% | I1136M (ATT→ATG) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,950 | 0 | T | G | 20.0% | 154.5 / 47.0 | 90 | I1136M (ATT→ATG) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/38); new base G (13/5); total (47/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
CGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGA > Exported/834881‑835017 | cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGAtt < 1:121212/70‑1 (MQ=255)cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:3855379/71‑1 (MQ=255)cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:374314/71‑1 (MQ=255) ccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGAtt > 1:4898462/1‑63 (MQ=255) attgtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCaa > 1:1820043/4‑71 (MQ=255) tgtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcg > 1:2343164/2‑70 (MQ=255) gtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAg > 1:1649641/1‑71 (MQ=255) gtcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgc > 1:899990/1‑69 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCa < 1:5236720/36‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:2095486/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:5548519/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:5433227/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:4329922/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:946040/46‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccag > 1:3045687/1‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACt > 1:433713/3‑48 (MQ=12) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACt > 1:3904438/3‑48 (MQ=12) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTca > 1:2057095/3‑64 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg > 1:5386486/3‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg > 1:1991539/3‑71 (MQ=255) 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CGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGA > Exported/834881‑835017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |