| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,971 | T→C | 25.8% | G1143G (GGT→GGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,971 | 0 | T | C | 25.8% | 148.6 / 56.7 | 93 | G1143G (GGT→GGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/31); new base C (18/6); total (56/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.67e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
GAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGG > Exported/834902‑835041 | gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTTGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:4234490/1‑71 (MQ=255)gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:4294503/1‑71 (MQ=255)gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTg > 1:2770190/1‑71 (MQ=255) gTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGct < 1:3521631/71‑1 (MQ=255) tGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGct < 1:1526458/70‑1 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct > 1:4765087/1‑70 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct > 1:4154054/1‑70 (MQ=255) ccAAAGATCTGGGTATCGCCGTTAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTTCTCTGACTGCCCGt < 1:618572/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAc > 1:4609626/2‑71 (MQ=255) aaCGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgc > 1:1958381/1‑71 (MQ=255) aaCGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgc > 1:906405/1‑71 (MQ=255) aaCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAcgc > 1:828027/1‑71 (MQ=255) aCGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAg < 1:3711934/48‑1 (MQ=255) aCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTat > 1:2962100/1‑64 (MQ=255) aCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTat > 1:2708417/1‑64 (MQ=255) aCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTat > 1:1890195/1‑64 (MQ=255) aCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAcgcc > 1:3788152/1‑70 (MQ=255) cGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATg < 1:2474331/52‑1 (MQ=255) ggTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgcg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |