| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,992 | T→G | 25.2% | V1150V (GTT→GTG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,992 | 0 | T | G | 25.2% | 136.0 / 73.0 | 103 | V1150V (GTT→GTG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/36); new base G (18/8); total (59/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCT > Exported/834924‑835061 | cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:4659357/1‑70 (MQ=255)cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1986201/1‑70 (MQ=255)cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:1525425/1‑70 (MQ=255) gggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt > 1:3106948/1‑69 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:4109995/71‑1 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:2836867/71‑1 (MQ=255) tATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGtt < 1:5235198/64‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccag > 1:3045687/1‑71 (MQ=255) gtcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTca 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |