| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 835,046 | T→C | 12.4% | R1168R (CGT→CGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 835,046 | 0 | T | C | 12.4% | 284.1 / 25.2 | 113 | R1168R (CGT→CGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/57); new base C (4/10); total (46/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTAT > Exported/834977‑835114 | gACTGCCCGTGCGGTTGTCAGGCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTa > 1:4388736/1‑71 (MQ=255)gACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTa > 1:2540680/1‑71 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg < 1:661469/69‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:4116101/71‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGt > 1:2246713/1‑70 (MQ=255) cccGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAttat < 1:3019946/70‑4 (MQ=255) cccGCGCGGTGGTCAACCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAttat > 1:45183/1‑67 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGt < 1:3707454/64‑1 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |