| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 835,127 | G→A | 13.6% | P1195P (CCG→CCA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 835,127 | 0 | G | A | 13.6% | 274.8 / 26.7 | 110 | P1195P (CCG→CCA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/45); new base A (12/3); total (62/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAA > Exported/835061‑835195 | gTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCa > 1:2257102/1‑70 (MQ=255) tCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCatat > 1:1175960/1‑71 (MQ=255) cGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCatat > 1:775529/1‑70 (MQ=255) cGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCatat > 1:46404/1‑70 (MQ=255) aaaTTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATc < 1:3284328/71‑1 (MQ=255) aaaTTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATc < 1:750730/71‑1 (MQ=255) aaaTTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATc < 1:2220741/71‑1 (MQ=255) aaTTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCata > 1:4008545/1‑65 (MQ=255) aaTTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCata 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |