| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 836,074 | C→G | 20.5% | V264V (GTC→GTG) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 836,074 | 0 | C | G | 20.5% | 151.2 / 31.1 | 73 | V264V (GTC→GTG) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/29); new base G (7/8); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGAAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACC > Exported/836007‑836140 | agaAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTgtcggt < 1:4389993/71‑1 (MQ=255)agaAGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTgtcgg < 1:508103/70‑1 (MQ=255) aaatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtc > 1:777092/4‑70 (MQ=255) aatGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtcgc < 1:1656730/69‑2 (MQ=255) aGTGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGGCGGTCGt < 1:523969/71‑1 (MQ=255) atGCATCTTCTGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCgtgggtcgca > 1:3327909/2‑69 (MQ=255) tGCATCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTAt < 1:401398/71‑1 (MQ=255) aTCTTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATcct < 1:5139350/71‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |