| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 836,086 | T→G | 19.5% | R268R (CGT→CGG) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 836,086 | 0 | T | G | 19.5% | 131.8 / 37.1 | 77 | R268R (CGT→CGG) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/24); new base G (7/8); total (45/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
TTCTGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCTTGGCGTGCTGTTGTACGATGCCGACGCTATTGAACGTGCAGCCAGCACCGAGAACGAGAAAGATC > Exported/836018‑836156 | ttctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa > 1:5082527/1‑71 (MQ=255) tctGTTACCCACGAATTGAGTCCGGTCAACCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGCGTGGGTCGCATCCGGTAt > 1:3191624/1‑71 (MQ=255) tctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTAt > 1:58117/1‑71 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:5263314/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGtt < 1:675981/68‑1 (MQ=255) ctGCTATCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTa < 1:5161340/69‑1 (MQ=255) cTATCCGCGTATTTAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCt < 1:4448824/69‑1 (MQ=255) tCCGCGTATTGAAGCGGGTCAGCCGACCGTGTGCTCAGAAACCTGTGTCGGTCGTATCCGTTATCtt < 1:2319512/67‑1 (MQ=255) 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Exported/836018‑836156 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |