| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 836,353 | G→T | 36.7% | P357P (CCG→CCT) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 836,353 | 0 | G | T | 36.7% | 60.4 / 39.9 | 49 | P357P (CCG→CCT) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/13); new base T (16/2); total (34/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
ATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTC > Exported/836285‑836422 | atggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctcc > 1:5123859/1‑71 (MQ=255)atggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctcc > 1:279153/1‑71 (MQ=255) tggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg > 1:3783667/1‑70 (MQ=255) tggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccg < 1:3273596/71‑2 (MQ=255) ggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcctccgc > 1:4979004/1‑69 (MQ=255) ggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct > 1:5205541/1‑70 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4974303/71‑1 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGATGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct < 1:4317579/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |