| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 836,728 | T→C | 29.7% | D482D (GAT→GAC) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 836,728 | 0 | T | C | 29.7% | 87.2 / 44.2 | 64 | D482D (GAT→GAC) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/25); new base C (12/7); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGTCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGT > Exported/836662‑836793 | tagtCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCt < 1:1544505/71‑1 (MQ=255) agtCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTg > 1:5407885/1‑71 (MQ=255) gtCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGc < 1:3069395/71‑1 (MQ=255) aTCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCAc > 1:4901450/1‑71 (MQ=255) aTCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCAc > 1:2605887/1‑71 (MQ=255) gTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACgg < 1:2413018/70‑1 (MQ=255) gTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGt < 1:5057815/71‑1 (MQ=255) aaCTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGTTc < 1:3285535/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |