| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 852,453 | C→T | 7.3% | V55V (GTG→GTA) | yciC ← | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 852,453 | 0 | C | T | 7.3% | 320.2 / 9.9 | 109 | V55V (GTG→GTA) | yciC | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/47); new base T (4/4); total (58/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TGTTGCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTGAGCTGCGCAAGCTGTGCATCACTGGGTGAGAAAACATGCCCTAACACCACTGTGATA > Exported/852391‑852522 | tgttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGt > 1:762126/1‑70 (MQ=255)tgttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGt < 1:5365350/70‑1 (MQ=255) gttgCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTc < 1:1548866/70‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCTAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:713777/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACATCCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:2213749/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACTcc < 1:3811013/64‑1 (MQ=255) gCTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGTACGcc < 1:273236/64‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:2823166/70‑1 (MQ=255) cTGTTCCGGTGACATATTCTGAACCAGGTCGAACAACCCACTACTGCCGCTAACGGGCACGCCGTCATTg < 1:5592115/70‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |