| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 854,882 | A→G | 27.8% | D36D (GAT→GAC) | yciG ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 854,882 | 0 | A | G | 27.8% | 74.1 / 34.4 | 54 | D36D (GAT→GAC) | yciG | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/18); new base G (7/8); total (28/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
TTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTT > Exported/854816‑854952 | tttCCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCAt < 1:706094/71‑1 (MQ=255) tGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCAttt > 1:1673781/1‑71 (MQ=255) tGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTa > 1:1199558/1‑70 (MQ=255) aTTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTaa < 1:4841389/69‑1 (MQ=255) tattaCCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTa > 1:4708965/1‑71 (MQ=255) ttaCCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTAc < 1:4865645/70‑1 (MQ=255) ccaccGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTAccgc < 1:1450435/70‑1 (MQ=255) accGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACcgccgc < 1:4981776/71‑1 (MQ=255) cGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTa < 1:2394448/71‑1 (MQ=255) cTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATg > 1:1814136/1‑71 (MQ=255) tgttgACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCt > 1:599170/1‑70 (MQ=255) ttaccaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTAccccc > 1:2537712/3‑59 (MQ=255) taccaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCTGTcca > 1:5201179/2‑70 (MQ=255) gACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTa < 1:262660/62‑1 (MQ=255) accaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCAtt > 1:4085450/1‑42 (MQ=25) accaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCTgtc < 1:2902977/68‑3 (MQ=255) accaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCTGTccac > 1:2807254/1‑69 (MQ=255) accaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCTGTcca < 1:1115050/70‑2 (MQ=255) accaccTTTTTTACCTGCTTCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCTGTcca < 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(MQ=255) ttttACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACgg > 1:1301709/1‑71 (MQ=255) tACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCtt < 1:1418166/63‑1 (MQ=255) aCCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCt < 1:2288744/70‑1 (MQ=255) cGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTa > 1:276554/1‑46 (MQ=255) ttCAGATGCGCGCTGCGGGTCATTCTTGAAATTACCCCCGCTGTGCt > 1:4389781/1‑47 (MQ=255) cAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGAt > 1:3225039/1‑71 (MQ=255) cAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGATATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGAt > 1:4576986/1‑71 (MQ=255) aTGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGcc < 1:2214833/71‑1 (MQ=255) gTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTtctaa < 1:4430476/71‑3 (MQ=255) gTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCa < 1:1577361/71‑1 (MQ=255) ggATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTc < 1:1007233/71‑1 (MQ=255) aTCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCtt < 1:4524946/71‑1 (MQ=255) aTCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCtt < 1:4348405/71‑1 (MQ=255) | TTTGCCTGATTTATTACCACCGCTTTGTTGACCGCCTTTTTTACCCGCTTCAGATGCGCGTTGCGGATCATTTTTAAAATTACCGCCGCTATGCTGACCGCCTTTACGGCCTGCGTCGGATGCCTTCTCACGGTCTT > Exported/854816‑854952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |