| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,014,989 | G→T | 32.9% | R360R (CGC→CGA) ‡ | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,014,989 | 0 | G | T | 32.9% | 138.4 / 59.6 | 85 | R360R (CGC→CGA) ‡ | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/24); new base T (14/14); total (47/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGTT > Exported/1014919‑1015059 | aTAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcg < 1:2166107/71‑1 (MQ=255)aTAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcg < 1:4589979/71‑1 (MQ=255)aTAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGCTCAAcg < 1:6717/71‑1 (MQ=255)aTAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTACATCGGACGGTTAAGGTCAAcg < 1:5308426/71‑1 (MQ=255) tAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcgc < 1:2421370/71‑1 (MQ=255) aaGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcgcg > 1:5622352/1‑71 (MQ=255) aGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACgcgc < 1:700668/71‑1 (MQ=255) tgtAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCg < 1:5153970/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |