| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,015,754 | A→G | 27.3% | C105C (TGT→TGC) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,015,754 | 0 | A | G | 27.3% | 127.8 / 57.1 | 88 | C105C (TGT→TGC) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/25); new base G (12/12); total (51/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
ATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCAT > Exported/1015688‑1015824 | atcaCCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGa > 1:5142457/1‑67 (MQ=255)atcaCCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGa > 1:3467340/1‑67 (MQ=255)atcaCCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAgg < 1:770359/71‑1 (MQ=255) tcaCCGCCGCCGGTCCACACGCGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGt > 1:4035952/1‑71 (MQ=255) tcaCCGCCGCCGGTCCACACGCGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGt < 1:243615/71‑1 (MQ=255) tcaCCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGa < 1:646429/66‑1 (MQ=255) ccgccGGTCCACACGCGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAg < 1:2558444/68‑1 (MQ=255) ccaccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 1:1060718/71‑1 (MQ=255) caccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGa < 1:3155127/71‑1 (MQ=255) caccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGa < 1:304152/71‑1 (MQ=255) ccGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:1963509/1‑70 (MQ=255) ggTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3296863/1‑68 (MQ=255) gTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGcc > 1:4816617/1‑71 (MQ=255) gTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGc < 1:37240/70‑1 (MQ=255) ccATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGa > 1:3388531/1‑52 (MQ=255) aTACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 1:1308118/61‑1 (MQ=255) tACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGc < 1:3271662/65‑1 (MQ=255) acgcGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggc > 1:3611482/4‑71 (MQ=255) acgcGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggc > 1:2231729/4‑71 (MQ=255) acgcGCTGGCCGTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggc > 1:5263149/4‑71 (MQ=255) acacGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3667765/1‑61 (MQ=255) cacGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgcc > 1:5557374/1‑71 (MQ=255) gcGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCtttgg > 1:3773496/2‑66 (MQ=255) cGCTGGCCTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggcggc < 1:4973483/71‑1 (MQ=255) cGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1316713/71‑1 (MQ=255) cGCTGCCCTTTTTAACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1974887/71‑1 (MQ=255) cGCTGCCCTTTTTAACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1075037/71‑1 (MQ=255) gccTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggcggc < 1:4051551/65‑1 (MQ=255) ccTTTTTTACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTc > 1:851234/1‑71 (MQ=255) ccTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTc < 1:2657598/71‑1 (MQ=255) cTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCt < 1:1546240/56‑1 (MQ=255) ttttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggcggc < 1:3290668/63‑1 (MQ=255) ttttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggcggc < 1:4500332/63‑1 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1661459/63‑1 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:3174130/63‑1 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:4324635/1‑65 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:150716/1‑70 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:2546137/1‑70 (MQ=255) ttttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:1028860/1‑70 (MQ=255) tttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTggcggc < 1:3672295/62‑1 (MQ=255) tttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCg > 1:657737/1‑69 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCttt > 1:5230059/1‑56 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCttt > 1:5193701/1‑56 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCttt > 1:5224497/1‑56 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:4065337/1‑69 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:2910695/1‑69 (MQ=255) tttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCg > 1:4703573/1‑69 (MQ=255) ttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCa > 1:3142188/1‑37 (MQ=21) ttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGt > 1:4556733/1‑40 (MQ=25) ttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGt > 1:1528893/1‑40 (MQ=25) ttttACCGACGATGATCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAg > 1:5225673/1‑71 (MQ=255) ttttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGc > 1:1806926/1‑44 (MQ=255) tttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGt > 1:1643407/1‑71 (MQ=255) ttACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGt < 1:2777173/70‑1 (MQ=255) aCCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:5517858/1‑59 (MQ=255) aCCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3033088/1‑59 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:5196834/53‑1 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:2455454/53‑1 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:5245579/53‑1 (MQ=255) acaaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTcgccgc < 1:1375116/53‑1 (MQ=255) caaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAg < 1:4250178/37‑1 (MQ=255) caaTAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAgg < 1:1928952/71‑1 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3682989/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3880397/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:3872794/1‑53 (MQ=255) aataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAgg > 1:3286898/1‑70 (MQ=255) ataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3048017/1‑37 (MQ=255) ataatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGaa > 1:3298993/1‑37 (MQ=255) taatCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAAt > 1:2007616/1‑71 (MQ=255) atCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTg < 1:3132523/71‑1 (MQ=255) atCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTg < 1:791435/71‑1 (MQ=255) tCGCGGTGCCGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGcc < 1:2539707/37‑1 (MQ=25) gCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCca > 1:4192488/1‑71 (MQ=255) ccGGTATCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTGCAGCGCcac > 1:998317/1‑71 (MQ=255) ccGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGa > 1:346272/1‑40 (MQ=255) ggTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCcac > 1:1102281/1‑69 (MQ=255) tATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACata < 1:3301211/70‑1 (MQ=255) aTCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATAtt > 1:5109385/1‑71 (MQ=255) aTCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATAtt > 1:3329695/1‑71 (MQ=255) tCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTGCAGCGCcacg < 1:5676077/66‑2 (MQ=255) tCCTGGCAGGTCGGCAGCACGCCTTTGGCGGCGATTTCGGAGTTTCTTAAGAATTGCAGCGCCACgtac < 1:4853166/69‑2 (MQ=255) tCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGc < 1:1596908/57‑1 (MQ=255) tCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCca < 1:1046048/64‑1 (MQ=255) tCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATAtt > 1:4150612/1‑70 (MQ=255) tCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATAtt > 1:542707/1‑70 (MQ=255) cTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTa < 1:3355582/70‑1 (MQ=255) cTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTAt > 1:3885883/1‑71 (MQ=255) cTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTAt > 1:1937606/1‑71 (MQ=255) gACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTg > 1:3165474/1‑52 (MQ=255) gACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCa > 1:4388660/1‑54 (MQ=255) gACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCa > 1:4178052/1‑54 (MQ=255) gACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCa > 1:2935923/1‑54 (MQ=255) aCAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATc < 1:1445599/69‑1 (MQ=255) aCAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCAt > 1:4058642/1‑71 (MQ=255) aCAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCAt > 1:1035501/1‑71 (MQ=255) | ATCACCACCACCGGTCCATACACGCTGCCCTTTTTTACCAACAATAATCGCGGTGCCGGTATCCTGACAGGTTGGCAGAACGCCTTTCGCCGCGATGTCGGAGTTACGCAGGAATTGCAGCGCCACATATTTATCAT > Exported/1015688‑1015824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |