| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 218,097 | G→A | 12.0% | L28L (TTG→TTA) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 218,097 | 0 | G | A | 12.0% | 770.6 / 69.2 | 292 | L28L (TTG→TTA) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (131/125); new base A (15/20); total (146/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAC > Exported/218028‑218163 | ctgcAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGa > 1:5377879/4‑71 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATAAGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:4748679/1‑70 (MQ=255) cAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACg > 1:5263405/1‑70 (MQ=255) aaaaTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGaa < 1:5492118/71‑1 (MQ=255) aaTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAAt > 1:4466256/1‑70 (MQ=255) aTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATga < 1:3439115/71‑1 (MQ=255) aTAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATga > 1:264528/1‑71 (MQ=255) tAAGAAGAGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGaa > 1:379098/1‑67 (MQ=255) tAAGAAGAGGAAACGCCGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATga > 1:4359183/1‑70 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgata < 1:2407171/70‑3 (MQ=255) agaagaGGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgat > 1:606327/1‑68 (MQ=255) gagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:3475987/69‑1 (MQ=255) agGAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTAt < 1:4941815/71‑1 (MQ=255) ggAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAAt < 1:553203/60‑1 (MQ=255) gAAATGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:1141181/71‑1 (MQ=255) gAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:930754/71‑1 (MQ=255) aaaTGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:1071531/1‑70 (MQ=255) aatgcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc > 1:682518/4‑69 (MQ=255) aatgcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCaa < 1:2613643/68‑1 (MQ=255) tgcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAgg < 1:2716167/70‑1 (MQ=255) gcagcaGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg > 1:563259/1‑70 (MQ=255) cagcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg > 1:2306825/1‑69 (MQ=255) cagcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCa < 1:1886386/71‑1 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGAc > 1:3677220/1‑48 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGAc > 1:2223306/1‑48 (MQ=255) gAATTATTTTAAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:2445970/71‑1 (MQ=255) attattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:413250/58‑1 (MQ=255) ttattTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGa < 1:1650379/43‑1 (MQ=255) tattTTCAGGGATACGGCACATT‑CTATTAATATTTTGAc > 1:951582/1‑39 (MQ=37) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGa > 1:4638921/1‑38 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAAt > 1:1960637/1‑43 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:4511087/1‑71 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:826375/1‑71 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:4572908/1‑71 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTTCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAgg < 1:1593237/58‑1 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATg > 1:882100/1‑43 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATg > 1:3516068/1‑43 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:3702722/1‑70 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTa > 1:3741900/1‑49 (MQ=255) ttCAGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:3501800/70‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:4615577/1‑67 (MQ=255) gggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAg < 1:5056319/69‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTc < 1:1076976/47‑1 (MQ=255) ggATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGAt > 1:5070107/1‑70 (MQ=255) gATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc < 1:5436065/71‑1 (MQ=255) aTACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc > 1:1540598/1‑70 (MQ=255) aTACGGCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc > 1:4872287/1‑70 (MQ=255) tACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCa < 1:4424168/45‑1 (MQ=255) tACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGt < 1:4252661/54‑1 (MQ=255) aCGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:2332929/1‑36 (MQ=255) aCGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGa > 1:76636/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCa > 1:5556179/1‑43 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGc < 1:4791961/47‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaa < 1:2475371/71‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaaa < 1:1776470/71‑1 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:1233115/1‑70 (MQ=255) cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:4851396/1‑70 (MQ=255) ggCACATCGCTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa > 1:5130413/1‑69 (MQ=255) cacaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagc < 1:4738183/71‑1 (MQ=255) caTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGc < 1:1933144/62‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:517674/71‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:4618368/54‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCa > 1:1477973/1‑36 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:367597/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1312504/1‑70 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCaa > 1:4905650/1‑35 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCaa > 1:3295413/1‑35 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:1272297/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:316621/1‑71 (MQ=255) gCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:3602216/1‑71 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAg > 1:3391110/1‑39 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt < 1:3260884/70‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATg < 1:5115329/56‑1 (MQ=255) tATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCAt > 1:2032868/1‑69 (MQ=255) tAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:1689517/1‑43 (MQ=255) tAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:2951614/46‑1 (MQ=255) tAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt < 1:1510548/46‑1 (MQ=255) tAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:358126/1‑59 (MQ=255) tAATATTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:2990421/1‑48 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa > 1:3095049/1‑47 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:3074008/1‑68 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACa < 1:5304034/70‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg < 1:4069794/41‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg < 1:4197259/41‑1 (MQ=255) aaTATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:3035325/1‑68 (MQ=255) atatTTTAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:2096519/1‑41 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTaa < 1:3997142/45‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAg > 1:2390569/1‑46 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa > 1:4715980/1‑70 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:1412990/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa < 1:4680091/70‑1 (MQ=255) tatTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGa > 1:2251442/1‑70 (MQ=255) tatTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:2861242/60‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGaa < 1:2682839/51‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc < 1:4563836/58‑1 (MQ=255) ttttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAg > 1:1943855/1‑37 (MQ=255) ttttAACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGaa < 1:2770489/69‑1 (MQ=255) gACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:3841797/53‑1 (MQ=255) gACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcag < 1:5605300/53‑1 (MQ=255) gACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:2147033/1‑56 (MQ=255) | CTACAAAATAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAC > Exported/218028‑218163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |