| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,201,840 | T→G | 17.6% | S331S (TCT→TCG) | sdaA → | L‑serine deaminase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,201,840 | 0 | T | G | 17.6% | 112.4 / 23.7 | 57 | S331S (TCT→TCG) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/22); new base G (5/5); total (30/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
CGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTT > Exported/1201773‑1201909 | cGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGGGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTCtt < 1:2448757/71‑1 (MQ=255) gACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTc < 1:4459907/71‑1 (MQ=255) cTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTg > 1:1593093/1‑71 (MQ=255) taCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCg > 1:4342796/1‑70 (MQ=255) cccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg > 1:2522213/1‑69 (MQ=255) ccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg < 1:3460034/68‑1 (MQ=255) gTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgtt > 1:3047871/1‑71 (MQ=255) ttACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgttg < 1:1793481/71‑1 (MQ=255) tACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCctct < 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CGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTT > Exported/1201773‑1201909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |