| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,201,852 | G→T | 20.8% | A335A (GCG→GCT) | sdaA → | L‑serine deaminase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,201,852 | 0 | G | T | 20.8% | 214.6 / 27.9 | 81 | A335A (GCG→GCT) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/31); new base T (7/10); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTG > Exported/1201783‑1201918 | taCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCg > 1:4342796/1‑70 (MQ=255) cccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg > 1:2522213/1‑69 (MQ=255) ccGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCgg < 1:3460034/68‑1 (MQ=255) gTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgtt > 1:3047871/1‑71 (MQ=255) ttACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgttg < 1:1793481/71‑1 (MQ=255) cTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAgttggt < 1:1758321/70‑1 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAg > 1:3451637/1‑62 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAg > 1:2194064/1‑62 (MQ=255) tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc > 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agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:2606903/3‑47 (MQ=16) agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:4343575/3‑47 (MQ=16) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc < 1:5607852/38‑1 (MQ=255) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa > 1:3233926/1‑40 (MQ=255) aaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAg > 1:2455315/1‑41 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCa > 1:875319/1‑39 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg > 1:2878333/1‑71 (MQ=255) aaTCAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg < 1:4324716/71‑1 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:1311146/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:3019909/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:398475/50‑3 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:885873/1‑62 (MQ=9) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 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tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:491725/1‑39 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:2981976/49‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:5639978/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:1414700/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:589542/70‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:1377739/70‑1 (MQ=255) tctggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCTGGCAg < 1:2404421/67‑1 (MQ=2) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:4917877/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:5364911/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:5555480/70‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:1969824/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |