| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,201,882 | T→G | 14.1% | V345V (GTT→GTG) | sdaA → | L‑serine deaminase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,201,882 | 0 | T | G | 14.1% | 147.6 / 19.9 | 64 | V345V (GTT→GTG) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/29); new base G (4/5); total (30/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
TTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGC > Exported/1201812‑1201950 | ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:786844/1‑71 (MQ=255)ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3776762/1‑71 (MQ=255) tGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3453460/1‑70 (MQ=255) gTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGcc < 1:5654169/71‑1 (MQ=255) tGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCt < 1:2979584/71‑1 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:2230101/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:419170/1‑71 (MQ=255) cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:3849571/1‑71 (MQ=255) gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa > 1:4111029/1‑71 (MQ=255) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2274963/68‑1 (MQ=9) tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt > 1:2170275/1‑71 (MQ=255) ataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGAGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1090400/67‑1 (MQ=255) aaaaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1201554/65‑1 (MQ=255) aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgc > 1:2639675/1‑71 (MQ=255) aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg > 1:2878333/1‑71 (MQ=255) aaTCAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg < 1:4324716/71‑1 (MQ=255) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:3672582/1‑62 (MQ=9) gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:885873/1‑62 (MQ=9) tctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCt > 1:1281896/1‑71 (MQ=255) tcgaTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCt < 1:3856265/68‑1 (MQ=2) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:2330361/56‑1 (MQ=255) ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:5575919/56‑1 (MQ=255) tATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCtt > 1:1033113/1‑70 (MQ=255) aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGc > 1:3698550/1‑44 (MQ=9) aTTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg > 1:423164/1‑70 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:2981976/49‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:5639978/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:1414700/69‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:589542/70‑1 (MQ=255) tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:1377739/70‑1 (MQ=255) tctggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCTGGCAg < 1:2404421/67‑1 (MQ=2) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:5364911/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:4917877/41‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:3259618/1‑70 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:871001/1‑70 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:2082192/70‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:5555480/70‑1 (MQ=255) tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:1969824/1‑70 (MQ=255) tggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2748762/44‑1 (MQ=9) gTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAActg > 1:4693927/1‑71 (MQ=255) 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1:5037562/1‑42 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:4878017/1‑42 (MQ=255) gggTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAct > 1:2888979/1‑42 (MQ=255) gtTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTggc > 1:522619/1‑71 (MQ=255) | TTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGC > Exported/1201812‑1201950 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |