| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,211,319 | G→A | 23.1% | F11F (TTC→TTT) | cspC ← | stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,211,319 | 0 | G | A | 23.1% | 217.2 / 56.1 | 108 | F11F (TTC→TTT) | cspC | stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/48); new base A (14/11); total (49/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GGAGAAGTGTACGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCCTTAGATTGTTTTCTTCGCCCGCAGG > Exported/1211250‑1211388 | ggAGAAGTGTACGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGa < 1:1613290/71‑1 (MQ=255)ggAGAAGTGTACGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGa < 1:303111/71‑1 (MQ=255)ggAGAAGTGTACGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGa < 1:5539536/71‑1 (MQ=255) gaAGTGTACGAACACATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAAc > 1:5097356/1‑70 (MQ=255) aGTGTACGAACACGTCTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCAc < 1:4487975/71‑1 (MQ=255) tACGAACACGTCTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTaa > 1:2964801/1‑71 (MQ=255) tACGAACACGTCTTTGCTGCCGTCTTCCGGAGTAATGAAACCGAATCCTTTGGACTCATTAAACCACTTaa > 1:702603/1‑71 (MQ=255) tACGAACACATCTTTAGAGCCATCGTCAGGAGTGATGAAGCCGAAGCCTTTGTCAGCGTTGAACCAtttta > 1:4551257/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |