| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,259,351 | T→G | 22.6% | I525L (ATT→CTT) ‡ | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,259,351 | 0 | T | G | 22.6% | 250.7 / 106.4 | 164 | I525L (ATT→CTT) ‡ | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (66/61); new base G (17/20); total (83/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
GATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAATACG > Exported/1259282‑1259421 | gATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAata > 1:2673821/1‑71 (MQ=255) tCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAatat > 1:4082233/1‑70 (MQ=255) gCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTg < 1:4203601/71‑1 (MQ=255) aaaaACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTgat < 1:2588035/71‑3 (MQ=255) acatCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCt < 1:2192890/61‑1 (MQ=255) catCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTg > 1:316453/3‑71 (MQ=255) tCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTa < 1:1852202/71‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:1980557/71‑1 (MQ=255) tCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTa < 1:832803/71‑1 (MQ=255) cAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:446779/1‑71 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:1025002/1‑70 (MQ=255) aaaaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAAt > 1:283912/1‑71 (MQ=255) aaaaTCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAtta > 1:3493256/1‑63 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCt < 1:5148167/62‑1 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAcc > 1:1424967/1‑71 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCgg > 1:1723786/1‑71 (MQ=255) aCGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:836881/1‑71 (MQ=255) cgcgCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa < 1:498131/70‑1 (MQ=255) 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> 1:3182833/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa > 1:909550/1‑57 (MQ=255) gCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGa > 1:2465211/1‑71 (MQ=255) cttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCAAAAGag > 1:1603803/3‑70 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:320250/66‑1 (MQ=255) ccTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:2712168/66‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAAt > 1:3487193/2‑35 (MQ=19) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCAcc < 1:418941/38‑1 (MQ=25) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:2268699/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCAtt < 1:1105413/56‑1 (MQ=255) ttGCTTCATCGGCACCAGATGCTGAATACTGTAATCACCGGTCATGGTGAGATCATTACGCTCaaaag < 1:3971516/67‑3 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:2590335/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |