| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,274,778 | G→A | 84.6% | S30N (AGC→AAC) | yodA → | conserved metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,274,778 | 0 | G | A | 84.6% | 239.5 / 31.8 | 104 | S30N (AGC→AAC) | yodA | conserved metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/8); new base A (45/43); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCTTAACAGAGGTCGAACAAAAAGCTGCTAATGGTGTTTTTGATGATGCCAATGTACAAAACCGAAC > Exported/1274710‑1274846 | gCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGc < 1:5650727/70‑1 (MQ=255)gCTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAAcc > 1:1236216/1‑71 (MQ=255) cTGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGc < 1:4345753/69‑1 (MQ=255) tGTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGATCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCt > 1:3767591/1‑71 (MQ=255) gTTGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCt > 1:1554569/1‑70 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAGCCCtt < 1:3439014/70‑1 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt > 1:974804/1‑70 (MQ=255) ttGCTTTAGGTGTCTTTATTGTTAGCGCTCCTGCCTTTTCGCATGGTCATCACTCACACGGCAAACCCtt < 1:1972305/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |