| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 228,481 | A→G | 6.6% | Y74Y (TAT→TAC) | phoE ← | outer membrane phosphoporin protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 228,481 | 0 | A | G | 6.6% | 352.0 / 10.2 | 121 | Y74Y (TAT→TAC) | phoE | outer membrane phosphoporin protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/51); new base G (5/3); total (67/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GAGACGCGTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCA > Exported/228412‑228550 | gagaCGCGTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCAt < 1:812380/71‑1 (MQ=255) gcgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAAc > 1:761762/1‑69 (MQ=255) cgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcag < 1:4314333/71‑1 (MQ=255) cgTTTTTTGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcag < 1:784287/71‑1 (MQ=255) ttttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagt > 1:4447526/1‑70 (MQ=255) ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:3875087/1‑71 (MQ=255) ttttGCTGTGCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:2439556/1‑71 (MQ=255) ttGCTGTTCAGTATCACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACcagtcag > 1:657787/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |