| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,321,783 | G→A | 78.7% | intergenic (‑237/+257) | gnd ← / ← galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,321,783 | 0 | G | A | 78.7% | 165.9 / 41.9 | 89 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/7); new base A (32/38); total (44/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
AGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATT > Exported/1321718‑1321848 | aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTTCCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATg < 1:52593/68‑1 (MQ=255)aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTgcatgcat > 1:3445905/1‑71 (MQ=255)aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg < 1:3338360/68‑1 (MQ=255)aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCAt > 1:2579334/1‑71 (MQ=255)aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATg < 1:891619/68‑1 (MQ=255) tttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCatgcatgc > 1:3940797/1‑71 (MQ=255) aaTAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTatga < 1:1760185/70‑1 (MQ=255) tAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgt < 1:5252776/71‑1 (MQ=255) tAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGAtgt 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |