| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,395,660 | T→A | 12.9% | A122A (GCT→GCA) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,395,660 | 0 | T | A | 12.9% | 264.0 / 26.1 | 100 | A122A (GCT→GCA) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base A (6/7); total (51/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGC > Exported/1395591‑1395729 | tGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:2168085/70‑1 (MQ=255)tGCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCt < 1:4234191/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:2044984/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:556707/70‑1 (MQ=255) gCCTGGAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTa < 1:1795002/70‑1 (MQ=255) ggAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCg > 1:5539734/1‑71 (MQ=255) gAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAAccc < 1:981798/69‑1 (MQ=255) gAATCGCAACTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCg > 1:2731759/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |