| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,395,675 | T→C | 19.1% | F127F (TTT→TTC) | setB → | lactose/glucose efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,395,675 | 0 | T | C | 19.1% | 192.2 / 38.7 | 94 | F127F (TTT→TTC) | setB | lactose/glucose efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/34); new base C (10/8); total (52/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCT > Exported/1395606‑1395744 | ctactTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg < 1:499377/71‑1 (MQ=255) actTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGttt > 1:3575381/1‑68 (MQ=255) actTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc > 1:3536042/1‑71 (MQ=255) actTTGATTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGATCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc > 1:114151/1‑71 (MQ=255) ctTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcc < 1:1871584/70‑1 (MQ=255) tGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttg > 1:4764043/1‑71 (MQ=255) ttttGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgcc < 1:2629633/71‑1 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTATCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCACTTGCCCGt > 1:5608040/1‑71 (MQ=255) tGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttg > 1:518647/1‑60 (MQ=255) cTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGa < 1:3905033/71‑1 (MQ=255) tATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:1225743/1‑71 (MQ=255) ttCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:1181248/69‑1 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:3798946/1‑71 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:673789/1‑71 (MQ=255) tCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt > 1:3063987/1‑71 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAt < 1:2518552/70‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATg > 1:4623018/1‑71 (MQ=255) tGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGcc > 1:855280/1‑70 (MQ=255) gCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:2916648/62‑1 (MQ=255) cGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGAc > 1:528450/1‑70 (MQ=255) gTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:1485890/71‑1 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:101739/59‑1 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:3232235/59‑1 (MQ=255) tctttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa < 1:1493566/59‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGttt < 1:15082/42‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGc < 1:5233794/62‑1 (MQ=255) tttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAAc > 1:4570821/1‑71 (MQ=255) ttcttAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaa < 1:314623/67‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTg < 1:520729/54‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTg < 1:527433/54‑1 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACagaa > 1:5021657/1‑69 (MQ=255) ttctgAGTAGTTTTGCTTCCACCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACagaa > 1:1648555/1‑69 (MQ=255) agcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGaa > 1:4240929/1‑51 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGt < 1:2887441/71‑1 (MQ=255) gcagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACAGGACGt < 1:5205782/71‑1 (MQ=255) cagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATTCCGACAAAACCGGACGTg < 1:3663542/71‑1 (MQ=255) cagcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTg < 1:1868552/71‑1 (MQ=255) gcTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACAtag < 1:1653959/52‑3 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgc < 1:5360100/39‑1 (MQ=255) cTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTttgcccttgc < 1:3445092/39‑1 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCg > 1:1211650/1‑40 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:904067/1‑45 (MQ=255) ttGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:2319935/1‑45 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAAc > 1:4151377/1‑44 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGc < 1:2859038/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGc < 1:4069707/69‑1 (MQ=255) ggCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCgg < 1:2464191/70‑1 (MQ=255) ggCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCgg < 1:3938887/70‑1 (MQ=255) gCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTg < 1:2601181/71‑1 (MQ=255) cTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACg < 1:1969996/60‑1 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:1455267/1‑71 (MQ=255) tCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGAt > 1:4926446/1‑71 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTg > 1:3630451/1‑60 (MQ=255) cGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATg > 1:3794624/1‑71 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:2103780/1‑38 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACa > 1:319160/1‑38 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaaa > 1:3869454/1‑49 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaaa > 1:5340959/1‑49 (MQ=255) aCCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaaa > 1:5334500/1‑49 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:1246216/71‑1 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:5499068/71‑1 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:1754783/71‑1 (MQ=255) aCCGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt < 1:1748280/71‑1 (MQ=255) cGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAggcc > 1:3379320/1‑51 (MQ=255) cGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt > 1:5679529/1‑69 (MQ=255) cGCAAACCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGtt > 1:4275324/1‑69 (MQ=255) gCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAg > 1:2190858/1‑71 (MQ=255) cTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGc < 1:1596494/71‑1 (MQ=255) cTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGc > 1:449811/1‑71 (MQ=255) cTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGc > 1:3744981/1‑71 (MQ=255) tAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACaaa > 1:2489677/1‑43 (MQ=255) aaCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGctc > 1:4711307/1‑71 (MQ=255) aCCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGctct > 1:2786936/1‑71 (MQ=255) aCCCGCAAATGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACg > 1:3234405/1‑56 (MQ=255) ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttt < 1:4381194/71‑1 (MQ=255) ccGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttt < 1:1777486/71‑1 (MQ=255) cGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtttt < 1:5526964/71‑1 (MQ=255) cGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttt < 1:4016472/70‑1 (MQ=255) gCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTg < 1:4100766/55‑1 (MQ=255) gCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGa > 1:2115148/1‑56 (MQ=255) gCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttttt < 1:2502730/71‑1 (MQ=255) gCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttttt > 1:4897041/1‑71 (MQ=255) gCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtt < 1:1207736/68‑1 (MQ=255) cAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtttttt < 1:3541979/71‑1 (MQ=255) aaaTGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGTTCAGTACattttt > 1:2876511/1‑70 (MQ=255) aaaTGTTCGCCCTCGCCCGTGAACACGCCGACAGAACAGGCCGTGAGACGGTCATGTTCAGTACATTTTTa > 1:2025824/1‑71 (MQ=255) aaTGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCg < 1:4948479/38‑1 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCgg > 1:3330730/1‑37 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGa > 1:2205589/1‑38 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGAc > 1:567505/1‑39 (MQ=255) tGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGAc > 1:828424/1‑39 (MQ=255) gTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTAcgcg > 1:4945487/1‑71 (MQ=255) gTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTAcgcg > 1:3163144/1‑71 (MQ=255) gTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTAcg > 1:4327109/1‑69 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttttt < 1:4347731/64‑1 (MQ=255) tttGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTa < 1:661291/66‑1 (MQ=255) ttgcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCt > 1:576392/1‑71 (MQ=255) tgcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCttttt > 1:686189/1‑62 (MQ=255) tgcccttgcccGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCtt < 1:2221757/59‑1 (MQ=255) tgcccttgcccGTGAACATGACGACAAAACCGGACGt > 1:1833024/1‑37 (MQ=255) | CTACTTTGTTTTGCTATTCGTTGGCGTCTTTCTTAGCAGCTTTGGCTCGACCGCTAACCCGCAAATGTTTGCCCTTGCCCGTGAACATGCCGACAAAACCGGACGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCT > Exported/1395606‑1395744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |