| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 228,508 | T→G | 10.9% | T65T (ACA→ACC) | phoE ← | outer membrane phosphoporin protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 228,508 | 0 | T | G | 10.9% | 226.4 / 19.1 | 93 | T65T (ACA→ACC) | phoE | outer membrane phosphoporin protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/31); new base G (6/4); total (58/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ACTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGTTTCGCCTTTGAAACCAAAACGGATATAACTCTGGTCGCCATCTTTACTGGCGTTATCACTCATAT > Exported/228439‑228575 | aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgtg > 1:1540829/1‑71 (MQ=255)aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgt < 1:527229/70‑1 (MQ=255)aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgt < 1:5217099/70‑1 (MQ=255)aCTCTCTGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTtgt < 1:3623989/70‑1 (MQ=255) ctctctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTgtgt < 1:1072710/71‑1 (MQ=255) ctctctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTgtgt < 1:5472869/71‑1 (MQ=255) ctctctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTgtgt < 1:4934302/71‑1 (MQ=255) tctGCTTTATTACCGGCAAACTCTGCTTCCCAACGACCATAACCAGTCAGTTGATCGTTAATTTGTGtt < 1:3227798/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |