| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,398,462 | G→T | 7.1% | V262V (GTG→GTT) ‡ | yeiQ → | predicted dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,398,462 | 0 | G | T | 7.1% | 257.1 / 3.5 | 81 | V262V (GTG→GTT) ‡ | yeiQ | predicted dehydrogenase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/34); new base T (4/2); total (45/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
AAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCT > Exported/1398392‑1398530 | aaaTCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGgtggtg > 1:2352294/1‑71 (MQ=255) aaTCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGtggtgg < 1:4597103/71‑1 (MQ=255) agccagcATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAg < 1:4715092/70‑1 (MQ=255) agccagcATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAg < 1:3657530/70‑1 (MQ=255) agcATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAAc > 1:781736/1‑71 (MQ=255) aTCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTtc > 1:4281641/1‑71 (MQ=255) aTCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTtc > 1:4034143/1‑71 (MQ=255) tGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTtcgtc > 1:3049965/1‑71 (MQ=255) 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tATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATgg > 1:3425515/1‑71 (MQ=255) tCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGt < 1:2506404/70‑1 (MQ=255) tCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTg < 1:4278467/71‑1 (MQ=255) cAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGa < 1:600512/70‑1 (MQ=255) aGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAat < 1:3607686/71‑1 (MQ=255) tgggtggTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGTCGTcct < 1:582483/36‑1 (MQ=255) ggtggtGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACa < 1:5413643/57‑1 (MQ=255) tggtggAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTggg < 1:3194837/39‑1 (MQ=255) tggtggAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTggg < 1:5009455/39‑1 (MQ=255) gtggAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCt < 1:4527686/71‑1 (MQ=255) tggAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAAt < 1:583825/55‑1 (MQ=255) ggAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCAGGGAAGTc > 1:3827274/1‑40 (MQ=255) | AAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGTGGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCCT > Exported/1398392‑1398530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |