| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,746,998 | G→A | 35.4% | intergenic (+82/+127) | srmB → / ← yfiE | ATP‑dependent RNA helicase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,746,998 | 0 | G | A | 35.4% | 121.6 / 83.7 | 96 | intergenic (+82/+127) | srmB/yfiE | ATP‑dependent RNA helicase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/40); new base A (15/19); total (37/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTTAAGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTCATGCAATATATTGAATTTGCACGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCAT > Exported/1746929‑1747061 | gTTTAAGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGt < 1:3926903/71‑1 (MQ=255) ttAAGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg > 1:975318/1‑71 (MQ=255) ttAAGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTgg > 1:216265/1‑71 (MQ=255) aaGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGc < 1:2335264/70‑1 (MQ=255) aGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCt > 1:3889713/1‑70 (MQ=255) aGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTc < 1:3397245/71‑1 (MQ=255) gcggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGc < 1:4351900‑M2/41‑1 (MQ=255) gcggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGc < 1:3883591‑M2/41‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |