| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,747,003 | T→C | 35.8% | intergenic (+87/+122) | srmB → / ← yfiE | ATP‑dependent RNA helicase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,747,003 | 0 | T | C | 35.8% | 112.8 / 87.4 | 95 | intergenic (+87/+122) | srmB/yfiE | ATP‑dependent RNA helicase/predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/40); new base C (15/19); total (36/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTCATGCAATATATTGAATTTGCACGATCTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATGAAT > Exported/1746934‑1747072 | aGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCt > 1:3889713/1‑70 (MQ=255)aGCCTGGTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTc < 1:3397245/71‑1 (MQ=255) gcggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGc < 1:2736229‑M2/41‑1 (MQ=255) gcggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGc < 1:3883591‑M2/41‑1 (MQ=255) gcggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGc < 1:4351900‑M2/41‑1 (MQ=255) cggcttgagactgatgacaaaggtaaaatTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACATGGCCCATGCa < 1:4894872‑M2/42‑1 (MQ=255) gTATTAAAAGTGCTGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTCATGCa < 1:2254159/70‑1 (MQ=255) gTATTAAAAGTGCAGGCAAACGCAAAACTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACGTGGCTCATGCa < 1:4626023/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |