| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,932,853 | C→T | 60.0% | intergenic (‑224/+72) | yqeF ← / ← lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,932,853 | 0 | C | T | 60.0% | 39.6 / 73.3 | 70 | intergenic (‑224/+72) | yqeF/lysS | predicted acyltransferase/lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/14); new base T (20/22); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
GAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACG > Exported/1932790‑1932918 | gagGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa < 1:221239/71‑1 (MQ=255)gagGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa > 1:4701591/1‑71 (MQ=255) tAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTa < 1:4837427/71‑1 (MQ=255) tAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg > 1:1923516/1‑69 (MQ=255) tAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg > 1:4682006/1‑69 (MQ=255) aGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTg > 1:4368467/1‑68 (MQ=255) aGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg > 1:4371862/1‑68 (MQ=255) aGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTg > 1:2311470/1‑68 (MQ=255) gATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAg < 1:2695125/70‑1 (MQ=255) gATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAg < 1:4656043/70‑1 (MQ=255) aTAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat < 1:181018/71‑1 (MQ=255) tAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgatg < 1:4101001/71‑1 (MQ=255) tAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat > 1:3714690/1‑70 (MQ=255) aGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTg > 1:2002974/1‑55 (MQ=255) aGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgatga > 1:487400/1‑71 (MQ=255) ggCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTa < 1:629404/64‑1 (MQ=255) cGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACg < 1:4651542/71‑1 (MQ=255) cGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACg > 1:4561232/1‑71 (MQ=255) ttAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGttt < 1:3411406/52‑1 (MQ=255) ttAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAg < 1:940890/61‑1 (MQ=255) tAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:3600853/1‑71 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa > 1:1264192/1‑52 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat > 1:2578802/1‑61 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat > 1:2678938/1‑61 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgat > 1:3026521/1‑61 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAga > 1:4856136/1‑60 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:2895793/1‑69 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAtt < 1:2885029/54‑1 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAtt < 1:1672346/54‑1 (MQ=255) aaTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:3634085/1‑70 (MQ=255) aTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGtt > 1:294883/1‑68 (MQ=255) aTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc > 1:3628883/1‑69 (MQ=255) aTCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAAtt < 1:5610027/53‑1 (MQ=255) tctcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:3250619/55‑1 (MQ=255) tctcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:2978502/55‑1 (MQ=255) tctcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTa > 1:3277205/1‑70 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTcag < 1:4389732/68‑3 (MQ=255) tcCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTcag < 1:2317652/68‑3 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:3858124/51‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:377638/51‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:3583314/51‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGt < 1:1690216/51‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaa < 1:3771282/68‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaa < 1:4736955/68‑1 (MQ=255) ccATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCAATCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaa < 1:2274108/68‑1 (MQ=255) tACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAAtt < 1:5129495/45‑1 (MQ=255) tACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAAtt < 1:800859/45‑1 (MQ=255) tACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAgatga < 1:2764203/54‑1 (MQ=255) aCTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAccc > 1:4569122/1‑71 (MQ=255) aCTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAccc > 1:4866541/1‑71 (MQ=255) aCTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAccc > 1:4197173/1‑71 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa > 1:2450078/1‑41 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTaa > 1:4532652/1‑41 (MQ=255) cTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAcccc < 1:4197776/71‑1 (MQ=255) ttAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaa < 1:3167257/64‑1 (MQ=255) aaCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTa > 1:4883318/1‑44 (MQ=255) aaCCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaaaaaa > 1:1678775/1‑64 (MQ=255) tGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTaaa < 1:4828700/56‑1 (MQ=255) ggTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAg < 1:4182026/40‑1 (MQ=255) gTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAgatga > 1:4870177/1‑43 (MQ=255) tttATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACAt < 1:4661807/66‑1 (MQ=255) tAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc < 1:4646672/42‑1 (MQ=255) tAAATTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTc < 1:3926226/42‑1 (MQ=255) aaaTTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATAc > 1:4694876/1‑37 (MQ=255) aaaTTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACAt > 1:4393984/1‑58 (MQ=255) aaTTGCCCTCCATTTTGTTTAATTTGTAGATGATACGt > 1:4620442/1‑38 (MQ=255) tCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAAcccc < 1:1218204/44‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAAc > 1:4920337/1‑69 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAAc < 1:697669/69‑1 (MQ=255) cATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACg > 1:3663011/1‑70 (MQ=255) | GAGGGGTAGATAGGGCGTTAATCTCCCATACTTAACCTGGTTTATGGTAAATTGCCCTCCATTCTGTTTAATTTGTAGATGATACGTTCTAAAAAAACCCCGACATTTGCCGGGGTTGTGAGCATAACG > Exported/1932790‑1932918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |