| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,933,747 | G→T | 22.0% | L232L (CTC→CTA) ‡ | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,933,747 | 0 | G | T | 22.0% | 285.0 / 49.7 | 118 | L232L (CTC→CTA) ‡ | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/60); new base T (17/9); total (49/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ACGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCG > Exported/1933681‑1933817 | acGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGAt < 1:2723919/71‑1 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCgaga < 1:3263218/69‑1 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATc < 1:2306737/71‑1 (MQ=255) cGCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATc < 1:5599401/71‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATcc < 1:3558803/71‑1 (MQ=255) gCTCGAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATcc < 1:925502/71‑1 (MQ=255) gAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCg < 1:446745/61‑1 (MQ=255) gAAGCCACCAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAg < 1:1307289/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |