| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,933,765 | G→A | 14.7% | H226H (CAC→CAT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,933,765 | 0 | G | A | 14.7% | 213.3 / 23.3 | 88 | H226H (CAC→CAT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/41); new base A (7/6); total (41/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTCCATAA > Exported/1933695‑1933835 | caaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg < 1:5127902/71‑1 (MQ=255)caaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATACAGCGCGTTAtgg < 1:2083800/71‑1 (MQ=255) aaccaCCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggt > 1:768292/1‑71 (MQ=255) accaccAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtggtg < 1:4447946/71‑1 (MQ=255) accaccAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTAtgg > 1:1444606/1‑69 (MQ=255) acaaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTatgatg > 1:4548195/4‑71 (MQ=255) acaaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTatgatg > 1:4321830/4‑71 (MQ=255) caaccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgatgg > 1:1068133/3‑71 (MQ=255) accaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGTGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatggg > 1:415251/1‑70 (MQ=255) accaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatgggt < 1:2784532/71‑1 (MQ=255) accaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatggg > 1:829866/1‑70 (MQ=255) accaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatggg > 1:3398683/1‑70 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt > 1:5677978/1‑71 (MQ=255) accaGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATggtgggt < 1:3568469/71‑1 (MQ=255) ccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatgggt > 1:1133008/1‑70 (MQ=255) ccaGACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATgatggg > 1:4618509/1‑69 (MQ=255) aGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:1790977/1‑70 (MQ=255) gACGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAAt > 1:3131719/1‑70 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:585195/71‑1 (MQ=255) gACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:3421319/71‑1 (MQ=255) aCGTTTCAGATACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGtaataa < 1:1714656/71‑1 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAAc < 1:4374755/71‑1 (MQ=255) gCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAAc > 1:5113055/1‑71 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:743625/69‑1 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:5619305/69‑1 (MQ=255) gAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACgg < 1:4481914/69‑1 (MQ=255) agatACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcg < 1:4996120/68‑1 (MQ=255) atACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcgag > 1:2999489/2‑69 (MQ=255) atACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcgag > 1:5531915/2‑69 (MQ=255) atACAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcgag > 1:4868777/2‑69 (MQ=255) tACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcgcg > 1:1524639/1‑70 (MQ=255) tACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcgcg > 1:5297841/1‑70 (MQ=255) tACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACgcgc < 1:3213693/71‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGTGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCa < 1:2054571/70‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATaaa > 1:5344057/1‑60 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg < 1:4187216/71‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg < 1:2744063/71‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAg > 1:730371/1‑71 (MQ=255) cAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGCGAGCa < 1:1520136/70‑1 (MQ=255) cAGCTCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGCGAGCa < 1:3098146/70‑1 (MQ=255) gTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCg > 1:2763614/1‑71 (MQ=255) gTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCg < 1:1366105/71‑1 (MQ=255) ttCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:3277419/55‑1 (MQ=255) ctCCGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGCGAGCa < 1:2434266/66‑1 (MQ=255) tCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCgg > 1:1682187/1‑70 (MQ=255) tCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCgg > 1:3631966/1‑70 (MQ=255) cGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCAc > 1:37593/1‑71 (MQ=255) cGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTAtgg > 1:5159091/1‑43 (MQ=16) cGGCGCGATACGCAGATACATATCTAAATCCAGAGCATTATGATGGGTAATAAACGGGcga < 1:4585500/61‑2 (MQ=255) gcgcGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAc < 1:2283399/57‑1 (MQ=255) gATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg < 1:1173550/71‑1 (MQ=255) gATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAg < 1:1631914/71‑1 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATa < 1:1623944/45‑1 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACg < 1:886589/49‑1 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACg < 1:2549212/49‑1 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACgcgc > 1:2779726/1‑56 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAgg > 1:2634568/1‑71 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAgg > 1:4463565/1‑71 (MQ=255) aTACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAgg > 1:3536593/1‑71 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:5393793/1‑42 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGa > 1:4060995/1‑42 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc < 1:3841223/67‑1 (MQ=255) tACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAggg < 1:182418/71‑1 (MQ=255) cGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATTGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGa < 1:827530/70‑1 (MQ=255) cGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCa > 1:2929089/1‑66 (MQ=255) cGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGa < 1:3943651/70‑1 (MQ=255) gCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCa < 1:211022/59‑1 (MQ=255) cAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCa < 1:2229378/71‑1 (MQ=255) aGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCAc < 1:1902217/71‑1 (MQ=255) ggTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACg < 1:167878/42‑1 (MQ=255) gTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCt < 1:2411358/71‑1 (MQ=255) tACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACgcgc < 1:4856365/47‑1 (MQ=255) tACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTg > 1:3909127/1‑71 (MQ=255) cATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAAc < 1:196368/37‑1 (MQ=255) aTGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGcat > 1:3289528/1‑71 (MQ=255) aTGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGca > 1:5083439/1‑70 (MQ=255) tGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGAcgcg < 1:1338097/42‑1 (MQ=255) tGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGcatc < 1:2953586/71‑1 (MQ=255) tCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGcc < 1:2705047/53‑1 (MQ=255) tCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGcatca < 1:3846328/70‑1 (MQ=255) gagaTCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCg > 1:1910079/1‑71 (MQ=255) agaTCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGc > 1:5679920/1‑44 (MQ=255) agaTCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGc > 1:755035/1‑44 (MQ=255) aTCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGc > 1:218407/1‑70 (MQ=255) ccAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCAcc > 1:4806698/1‑56 (MQ=255) aGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTc < 1:299525/71‑1 (MQ=255) gcgcGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTc > 1:1235064/1‑70 (MQ=255) gcgcGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCa < 1:2873253/71‑1 (MQ=255) gcgTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCaa < 1:4238244/70‑1 (MQ=255) cgTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACt > 1:3994413/1‑71 (MQ=255) gTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACtt > 1:4633813/1‑71 (MQ=255) ttATGATGGGTAATAAACGGGCGAGCAGATGCCCCACCTGGAATTACCTGCATCATCGGGGTTTCTACTTc > 1:1266663/1‑71 (MQ=255) ttATGATGGGTAATAAACGGGCGAGCAGATGCCCCACCTGGAATTACCTGCATCATCGGGGTTTCTACTTc > 1:4341644/1‑71 (MQ=255) tATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTc > 1:2907183/1‑70 (MQ=255) tATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTc > 1:2900545/1‑70 (MQ=255) atgatgGGTAATAAACGGGCGAGCAGATGCCCCACCTGGAATTACCTGCATCATCGGGGTTTCTACTTCCa > 1:1629431/1‑71 (MQ=255) atgatgGGTAATAAACGGGCGAGCAGATGCCCCACCTGGAATTACCTGCATCATCGGGGTTTCTACTTCCa > 1:5466831/1‑71 (MQ=255) aTGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTCCa > 1:2968749/1‑71 (MQ=255) tggtggGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTCCa < 1:768147/70‑1 (MQ=255) tggtggGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTCCAt < 1:5063368/71‑1 (MQ=255) | CAACCACCAGACGCTTGAGGTACAGTTCCGGCGCGATACGCAGGTACATGTCGAGATCCAGCGCGTTATGGTGGGTGATAAACGGACGCGCAGCGGCACCGCCAGGGATCACCTGCATCATCGGCGTTTCAACTTCCATAA > Exported/1933695‑1933835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |