| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,934,002 | G→A | 32.3% | T147T (ACC→ACT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,934,002 | 0 | G | A | 32.3% | 111.2 / 78.2 | 96 | T147T (ACC→ACT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/40); new base A (13/18); total (38/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
GCTGACGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCG > Exported/1933935‑1934072 | gttGACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGGATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTc < 1:880468/69‑1 (MQ=255) gACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTcag > 1:1287451/1‑70 (MQ=255) gACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTcag > 1:460533/1‑70 (MQ=255) gACGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTcag < 1:408624/70‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcagca < 1:871873/71‑1 (MQ=255) aCGATAGCGCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTcagca < 1:5361150/71‑1 (MQ=255) aCGATAACGGACTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTcagc < 1:4004532/70‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGc < 1:3250009/70‑1 (MQ=255) 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1:191712/71‑1 (MQ=255) aaTTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTc < 1:386645/47‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt < 1:5386285/44‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt < 1:2585115/44‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt < 1:3768983/44‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTgg < 1:3767021/55‑1 (MQ=255) tttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCgg > 1:2880493/1‑71 (MQ=255) ttATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGAc < 1:2890008/60‑1 (MQ=255) tATCCCGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACg > 1:4659781/1‑37 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:5295937/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:3564349/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTc < 1:4178431/58‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt > 1:1499819/1‑71 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt > 1:5415451/1‑71 (MQ=255) aGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtttt > 1:4613305/1‑65 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:1941728/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:861621/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:4663411/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:215619/71‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGGCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:3394994/49‑1 (MQ=255) cGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGa < 1:5582937/71‑1 (MQ=255) gACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAAc < 1:4641451/71‑1 (MQ=255) aCGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGaa > 1:2462441/1‑69 (MQ=255) cAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAg < 1:3005811/45‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |