| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,934,016 | A→G | 21.0% | L143L (TTG→CTG) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,934,016 | 0 | A | G | 21.0% | 173.6 / 41.2 | 92 | L143L (TTG→CTG) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/44); new base G (9/10); total (38/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
GCGCTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGA > Exported/1933947‑1934081 | gcgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAAc > 1:3602980/1‑71 (MQ=255) gacTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCt < 1:3181762/69‑1 (MQ=255) gacTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCt < 1:4835933/69‑1 (MQ=255) cgcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACt > 1:1744131/1‑71 (MQ=255) gcTTCCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTc < 1:3085453/71‑1 (MQ=255) cTTCCTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCACCt > 1:1213546/1‑69 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTcag < 1:1144142/69‑3 (MQ=255) ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta > 1:5676856/1‑70 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTca > 1:4077343/1‑66 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGtac < 1:1974970/71‑3 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGtac < 1:4136137/71‑3 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta < 1:4003635/70‑2 (MQ=255) tGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:285824/1‑69 (MQ=255) aTCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGt < 1:4825226/71‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGGGCAGt > 1:1274071/1‑71 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATACGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGt > 1:2917538/1‑71 (MQ=255) tCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGt > 1:4916423/1‑70 (MQ=255) tCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGt > 1:3631352/1‑70 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:5295937/71‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttgg < 1:3564349/71‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTc < 1:4178431/58‑1 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt > 1:1499819/1‑71 (MQ=255) gCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttttggtt > 1:5415451/1‑71 (MQ=255) aGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggtttt > 1:4613305/1‑65 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:1941728/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:4663411/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:861621/49‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGgttttggttttg < 1:215619/71‑1 (MQ=255) gCGGACGCAGTGCTTTGGGCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGa < 1:3394994/49‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |