| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,934,020 | G→A | 18.5% | T141T (ACC→ACT) | lysS ← | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,934,020 | 0 | G | A | 18.5% | 171.8 / 29.8 | 81 | T141T (ACC→ACT) | lysS | lysine tRNA synthetase, constitutive |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/38); new base A (8/7); total (36/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.48e-01 | |||||||||||
CCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCGCC > Exported/1933953‑1934088 | ccTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta > 1:5676856/1‑70 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGtac < 1:4136137/71‑3 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGtac < 1:1974970/71‑3 (MQ=255) cTGATCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGta < 1:4003635/70‑2 (MQ=255) tGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTg > 1:285824/1‑69 (MQ=255) aTCCTGCAGACCATGGAATTTATCTGGTAAAGGACGTAGTGCTTTAGTCAGCAGGCGCAGCTCAGTACAGt < 1:4825226/71‑1 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGGGCAGt > 1:1274071/1‑71 (MQ=255) aTCCTGCAAGCCGTGGAATTTATACGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGt > 1:2917538/1‑71 (MQ=255) 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1:3497594/1‑71 (MQ=255) agACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAg > 1:4204476/1‑71 (MQ=255) agACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAg > 1:5254303/1‑71 (MQ=255) agACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAg < 1:4847325/71‑1 (MQ=255) gACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCggttt < 1:3367423/39‑1 (MQ=255) gACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTAGCCggttt < 1:4013623/39‑1 (MQ=255) gCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGa > 1:1397935/1‑69 (MQ=255) tCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCGcc > 1:4870298/1‑71 (MQ=255) cGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAAc > 1:2572662/1‑41 (MQ=255) | CCTGATCCTGCAAGCCGTGGAATTTATCCGGCAGCGGACGCAGTGCTTTGGTCAGCAGACGCAACTCGGTGCAGTGGATAGACAGTTCGCCGGTTTTGGTTTTGAACAGCTTACCTTTCGCGCCGAGGATGTCGCC > Exported/1933953‑1934088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |