| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,934,443 | G→T | 5.2% | intergenic (‑1/+9) | lysS ← / ← prfB | lysine tRNA synthetase, constitutive/peptide chain release factor RF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,934,443 | 0 | G | T | 5.2% | 438.3 / 5.2 | 133 | intergenic (‑1/+9) | lysS/prfB | lysine tRNA synthetase, constitutive/peptide chain release factor RF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/64); new base T (4/3); total (66/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACGACGCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTCATAACCCTGCTTTCAAACTTGCTTCGATAAATTGATCCAGGCTGCCGTCCAGCACGGCC > Exported/1934374‑1934512 | acgacgCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGt < 1:3925754/71‑1 (MQ=255) gacgCGTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTg > 1:5014997/1‑71 (MQ=255) cgcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt > 1:2386891/1‑71 (MQ=255) cgcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt > 1:5535691/1‑71 (MQ=255) gcgTTTTCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGt < 1:2663085/70‑1 (MQ=255) ttttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGtt < 1:153581/64‑1 (MQ=255) ttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCt > 1:3034023/1‑69 (MQ=255) ttCAGTTCATTGTTAAGATCGACTACCGCGTCAGCGCCCTGTGCGTGTTGTTCAGACATGTTGGTTCCTc < 1:5632178/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |