| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,960,125 | G→A | 6.9% | intergenic (‑55/+160) | fbaA ← / ← pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,960,125 | 0 | G | A | 6.9% | 211.6 / 4.0 | 72 | intergenic (‑55/+160) | fbaA/pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/42); new base A (2/3); total (27/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
AAAATCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCC > Exported/1960057‑1960194 | aaaaTCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGtgct < 1:4591027/71‑1 (MQ=255) aTCTTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcg < 1:2122702/71‑1 (MQ=255) ttAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct > 1:3240759/1‑71 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:3031966/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:4551398/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:5098834/69‑1 (MQ=255) aTGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTc < 1:5057075/71‑1 (MQ=255) tGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCg < 1:4487668/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |