Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | Exported | 1,960,131 | T→A | 8.1% | intergenic (‑61/+154) | fbaA ← / ← pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | Exported | 1,960,131 | 0 | T | A | 8.1% | 166.2 / 6.4 | 62 | intergenic (‑61/+154) | fbaA/pgk | fructose‑bisphosphate aldolase, class II/phosphoglycerate kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/34); new base A (2/3); total (25/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 |
TTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCCTTCCTG > Exported/1960063‑1960200 | ttAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct > 1:3240759/1‑71 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:4551398/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:3031966/69‑1 (MQ=255) aGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGctgcgtct < 1:5098834/69‑1 (MQ=255) aTGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTc < 1:5057075/71‑1 (MQ=255) tGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCg < 1:4487668/71‑1 (MQ=255) tctcTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTc > 1:3605422/1‑68 (MQ=255) tctcTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGc > 1:4345179/1‑70 (MQ=255) 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ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCCtt < 1:614027/71‑1 (MQ=34) ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCCtt < 1:630184/71‑1 (MQ=34) gtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCCTTCCTg > 1:5211613/1‑71 (MQ=34) | TTAGACATGTCTCTTGTCCTGTATCGTCGGGCCTTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCTCTTGTCGCCTTCCTG > Exported/1960063‑1960200 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |